1、参合农民持证到本乡镇卫生院、村卫生所门诊就诊时，卫生院医生、村卫生所乡医，经核证核人后，进行合理检查、诊断，进行门诊病人登记，开具处方并注明合作医疗证号(一式两份，一份取药，一份报销)，到药房划价(标明药品价格)，由医生或乡医认真填写合作医疗证和门诊补偿登记表(一式三份)，让患者或家属签名，直接减免费用(超出家庭账户总额部分由患者自付)，最后取药治疗。卫生院、村卫生所有月底填写好定点医疗机构门诊补偿汇总表和结算单后，将报销联处方按补偿登记表编号顺序装订成册到乡镇农医所申请报销所垫资金。
2、参合农民持证到本乡镇以外的区内定点医疗机构门诊就诊时，定点医院机构医生核证核人后，进行合理检查、诊断，进行门诊病人登记，开具处方并注明合作医疗证号(一式两份，一份取药，一份报销)，到药房划价(标明药品价格)，患者交现金开具发票后取药治疗，然后由患者将报销联处方及医药发票到本乡镇农医所申请报销。
3、参合农民持证到乡镇卫生院住院就诊时，医生核证核人后，进行合理检查、诊断，有入院指征者收入住院，医生及时书写完整病历，进行住院病人登记，开具处方并注明合作医疗证号(一式两份，一份取药，一份报销)，到药房划价，患者交现金后取药治疗。患者出院后，卫生院提供医药发票，出院小结(盖医院章)，各种检查单，处方复写件等由患者到本乡镇农医申请报销。
4、参合农民持证到区级定点医院住院就诊时，区级定点医院医师应仔细核对合作医疗证，做到人证相符，然后进行合理核查，经诊断有入院指征者收入住院，及时书写完整病历，进行住院病人登记，开具处方并注明合作医疗证号(一式两份，一份取药，一份报销)，到药房划价(标明药品价格)，患者交现金后取药治疗。患者出院后，医院为患者提供医药发票，出院小结，各种检查单复写件，处方复写件等，由患者到合作医疗直报窗口直接申请报销。
5、参合农民因病情需要转区属以外的医疗机构住院治疗的应坚持逐级转诊的原则，由区属医疗机构转诊证明，经区农医中心批准并发放就诊告之书(急诊可先转诊，但应在7天内向当地乡镇农医所报告)。因探亲、访友、外出打工时患病住院者在入院后7天内向户口所在乡镇农医所报告。农医所要及时答复，进行登记，并及时向区农医中心报告。出院后必须带好本人住院发票及住院相关资料，到本乡镇农医所按规定补偿。
医疗保险在报销方式及程序上限于参保性质的不同，分为城镇职工医疗保险、城镇居民基本医疗保险及新型农村合作医疗保险三种类型，在持卡对医疗费用报销前需要明确自己的参保性质，通过对应的方式和程序进行办理。
