1、医疗机构抑或医师本人
患者到医院就诊，即与医疗机构缔结医疗服务合同，医疗合同的主体是医疗机构，而非医生。医疗机构所属医生的行为视为职务行为，其行为所产生的法律后果由医疗机构承担。因而，因医师过失导致患者损害的，应以医疗机构为被告，而非该实施治疗的医师。
对于个体开业的医师，多数观点认为医疗合同的主体是该执业医师，在发生纠纷后，当然应以该医师为被告提起诉讼。但根据《医疗机构管理条例》的规定，即使是个体诊所也属于具有独立法人资格的医疗机构，由此论之，似乎也应以该诊所为被告，而非该个体医师。
2、被告之选择
如果医疗损害纠纷仅涉及一家医疗机构，被告自然为该医疗机构，但如果涉及多家医疗机构或者其他利害关系人时，则存在被告的选择的问题。
医疗纠纷涉及两个以上的被告主要是以下情形：(1)医疗损害为两家以上医疗机构共同导致的;(2)院外医师会诊致患者损害之情形。医疗机构的邀请院外医师对患者进行诊疗，可认为该医疗机构与受邀医疗机构共同对患者实施诊疗，如发生医疗纠纷，应将该两家医院列为共同被告。但是，如果受邀医师未经所在医疗机构同意擅自到其他医疗机构开展医疗活动的(即“走穴”)，该走穴医师所在医疗机构不应成为被告，但该医师本人能否成为被告则存在争议。我们认为，该医师与邀请医疗机构属于劳务关系，即医师为医疗机构提供劳务，其行为应归属于邀请医院，应只能以该医疗机构为被告，而不能将医师作为共同被告;(3)与远程医疗相关的医疗纠纷。应属于共同医疗行为，应以就诊医疗机构和提供远程医疗服务的医疗机构为共同被告;(4)涉及输血、医疗器械、药品、生物制品的医疗纠纷。这类纠纷既可认定为医疗事故纠纷，也可认定为产品质量纠纷，后者则可适用《消费者权益保护法》和《民法通则》等民事法律。对此，选择什么样的案由则需要慎重考虑，不仅关系到法律适用，更涉及到损害赔偿。从产品质量纠纷角度出发，则既可以选择以医疗机构、相关产品的生产、经营者为共同被告，也可选择其中之一为被告。
如涉及到多个医疗机构，如何选择被告则是非常重要的诉讼技巧。一般应考虑以下因素：(1)赔偿权利的实现。一般情况下，将尽可能多的被告卷入诉讼，更有利于赔偿权利的实现，而不至于出现赢了官司而无法兑现的情形。但是，考虑到我们的司法环境，以及相关利益的考量，对于“惹不起”的被告，应避免将a其卷入，以免增加诉讼的难度和成本，或影响原告的其他利益。(2)诉讼管辖和鉴定机构选择的考虑。应选择对自己有利的被告;(3)案由和法律适用的考虑。如涉及产品纠纷，希望适用《产品质量法》等法律的，就应当产品的生产经营者和医疗机构作为共同被告。
