法医鉴定的科学性很重要的一点，是其对医疗行为的参与度进行分析，即对医院应负责任大小比例进行分析。而医疗事故鉴定没有这种分析：要么是医疗事故，参与度\"100%\"；要么不是，参与度\"0\"。它把100%~0之间的大部分划分到\"0\"中--不是医疗事故；少部分划分\"100%\"--是医疗事故。这是极不科学的，连驾驶员都知道，交通事故很少有100%责任和0责任。另外，很多人想不到的是，法医鉴定对临床医学知识的运用要比医疗事故鉴定严谨很多：大多医疗事故鉴定的过程就是专家讨论，不需引经据典，与其说是鉴定不如说是病例讨论：而法医鉴定在邀请专家进行会诊的同时，还要查找大量的文献资料，在互联网上进行文献检索，做一个鉴定就要用几个月的时间去查找资料，对每一个论点都引经据典，决不会把某个临床经验作为论据。
法医鉴定的公正性比起医疗事故鉴定好是不言而喻的，因法医和双方当事人无利害关系。并且，对邀请专家会诊时可能出现偏袒的问题，法医鉴定做了针对性处理，例如聘请那些地位、名声非常高，不至于为了个别案例而使自己的名誉有所诋毁的权威来会诊。在一案例中请了该专业统编教材的主编来会诊，此主编竞是当事医院的前院长，主编不负众望，作出了客观公正的意见。更重要的是，该所自身具有一批业务水平非常高的法医，能对各位专家的内容观点不一致的意见进行汇总、整理，并适当进行筛选，使所采纳的意见更客观，公正。
下表把医疗事故鉴定和法医鉴定做一对比（以司法部司法鉴定研究所为例）。
医疗事故鉴定法 医 鉴 定法律依据 《医疗事故处理办法》《民事诉讼法》《刑事诉讼法》鉴定的效力卫生行政部门处理医疗事故的唯一依据民事、刑事诉讼中的证据民事、刑事诉讼中的合法证据鉴定机构的主管部门卫生行政部门司法部门主管部门和当事人的关系 和医院一方是上下级关系和双方当事人无关系鉴定人 医疗事故鉴定委员会(非自然人)法医（自然人） 鉴定人的责任不需承担任何责任必需承担责任可能追究伪证责任。鉴定人是否出庭作证否可鉴定人和当事人的关系和医院一方有利害关系和双方当事人无利害关系鉴定人具有的知识结构基础医学知识及某一分科全面的医学知识基础医学知识、法学知识、鉴定学知识 鉴定过程般经过鉴定专家几个小时的讨论、辩论即可得出结论一法医经过几个月查找资料，邀请专家会诊。对专家的意见汇总、整理，筛选后得出结论鉴定的结论只有是否医疗事故不分析损伤参予程度 不良后果和医疗行为之间是否存在及存在何种因果关系。分析损伤参予程度 鉴定是司法鉴定的一种，司法鉴定包括多种学科的技术鉴定，如DNA鉴定、声纹鉴定，但是司法鉴定人员也不是专门搞DNA学、声纹学的专家，他们也只是具有相关知识，如果他们遇到疑难问题时，会请教更权威的专业科学家，而不是把鉴定完全交给专业科学家去做，医疗鉴定也应如此才是正轨，才能保证其公正性和科学性。
其实法医一直都在做医疗损害的鉴定，在追究刑事责任的案件做鉴定。例如非法行医引起的医疗损害，故意的医疗损害，这些案件和平时的那些医疗损害所要鉴定的内容是完全一样的，也需要临床医学知识。但此时卫生部门就没有强烈反对了，因为此时鉴定的结果不会影响卫生部门的利益。
法医鉴定和医疗事故鉴定到底谁是谁非？需要面对这一问题的是我们的法官，是那些认真负责的法官。
