《医疗事故处理条例》规定，医疗纠纷争议可以通过协商的办法进行解决。有数字显示，目前协商解决的医疗纠纷达70%左右。现对此分析如下：首先，由医患双方自行协商达成协议，没有特定的第三人参加。这种协商简单明了，但容易造成矛盾激化，特别在双方法律知识欠缺，协议书漏洞较多的情况下，往往达成协议后双方再起争端。
其次，卫生行政部门主持达成调解协议。这种办法由当事人一方或者双方向卫生行政机关提出申请，在行政机关的主持下，双方达成协议。从目前情况看，这种办法能及时平息事态，稳定双方的情绪。
再者，当争议进入诉讼程序后，可由人民法院主持双方调解达成协议。该协议一经送达立即生效，具有强制执行力，并不得上诉。它的好处是法律效力高，规范性强。但医患双方要经历较长的时间。
除上述三种法律规定的协商解决争议方式外，笔者认为还有两种新型方式可以尝试，即人民调解委员会的调解和律师参与或见证下的调解：
第一，人民调解委员会的调解是指双方当事人共同向调解委员会申请调解，由后者主持调解达成协议。这种调解程序规范，达成的协议如果没有法定撤销事由，就成为合法协议，并且不收取任何费用。但目前，调解委员会对调解医疗纠纷争议肯定缺乏经验，需大胆实践。
《人民调解委员会组织条例》规定，人民调解委员会是调解民间纠纷的群众性组织，它不但可以根据当事人的申请调解，也可以主动介入调解。按照最高人民法院的司法解释，人民调解委员会达成的协议具有合同的性质，双方当事人不得随意变更和解除，而且只要协议符合合同的订立原则，协议就是有效的，人民法院将予以确认。人民调解协议的有效条件包括：(1)当事人具备完全民事行为能力。(2)意思表示真实。(3)不违反法律、法规及社会公共利益。
笔者建议，医疗机构应尝试由当地调解委员主持协商解决纠纷争议。
第二，律师参与或见证的医疗纠纷协议。这种办法是指在一方或者双方的律师参与的情况下，双方协商达成协议。其好处是能够制作较为规范的协议书，欠缺的是律师见证行为，不能使协议书具有很强的效力。
不管采取哪一种协商解决的办法，签订合法有效的协议是必不可少的。笔者认为，纠纷协议实际上是一种合同行为，只要双方当事人的约定不违反我国强行法的规定和公序良俗，所达成的协议就是有效的。那么，如何签订合法有效的协议?
首先，应严格奉行我国《合同法》的一般原则。笔者建议，签订过程最好经过公证程序。
其次，应做到“意思表示真实”。这就需要医患双方实事求是地对医疗行为进行认定，不妨先在协议书上各自列明观点，然后再写明双方一致认同的事实。
第三，由于纠纷争议发生后，双方多处于对峙状态。有些医院会认为达成的协议是受到患方的胁迫。其实并非如此，我国《民法》规定，只有在自己或自己的近亲属受到胁迫时，才属于胁迫。
第四，许多协议还规定“患者不得就此事以任何理由起诉”，是违反法律规定的做法。因为，当事人的起诉权是民事法规定的权利。所以，协议的内容不能违反法律规定和公共利益。否则，将导致纠纷协议无效。
如果协议签订后，医方担心患方再次起诉，不妨约定“医患双方放弃基于该债权债务关系的一切诉讼权”，或约定“因该医疗纠纷引起的一切债权债务关系就此终了”。
赔偿数额的确定是协议的重要内容。《条例》规定的赔偿项目及计算方法，是协商确定赔偿问题的“尺度”。笔者认为，如果医患双方明确了纠纷争议构成侵权或医疗事故的，最好约定为“赔偿”，没有认定的则可用“补偿”的字眼。最后，
由于纠纷事实构成协议的主要条款，欠缺将导致合同无法实现。所以，对纠纷事实的认定最好不要省略，包括对纠纷原因、性质的认定，均应详细地写入协议。
