《民法通则》规定了民事权利的两类诉讼时效期间，即一般诉讼时效期间为三年和包括“身体受到伤害要求赔偿的”几种特殊情况适用的特殊诉讼时效期间为一年。在通常情况下，医疗机构和患者之间因医疗行为而建立医疗服务合同关系，也就是说，正常情况下医患之间只存在合同法律关系。然而，当医疗机构在医疗行为中违反合同或法定义务给患者造成不合理医疗损害的同时不可避免地会侵害患者的生命、人身和精神健康等合法权益。可见，在医疗损害纠纷赔偿案件中，存在着违约责任与侵权责任的竞合。按照我国合同法第122条关于请求权竞合时只能选择其中一种请求权的规定，法官在医疗纠纷案件的审判实践中应该允许患者选择更有利于自己的请求权即提起违约之诉或者侵权之诉。
因此，只有当患者选择侵权作为诉因即仅以“身体受到伤害”要求医疗机构赔偿时才适用一年的特殊诉讼时效。
如果当患者选择违约作为诉因，即以医疗机构违约造成患者人身和精神伤害要求医疗机构赔偿时，可适用二年的一般诉讼时效。否则，如果不分情况只要是因“身体受到伤害要求赔偿的”，就简单地一律适用一年的特殊诉讼时效，不仅不利于保护作为弱者的患者和家属的合法权益。
“医疗人身损害赔偿”和“医疗事故损害赔偿”，在法律适用、鉴定类别、赔偿项目、赔偿标准和赔偿数额上，都有很大不同。
1、在法律适用方面，审理“医疗人身损害赔偿”案件适用《民法通则》和《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》；而审理“医疗事故损害赔偿”案件，则要参照《医疗事故处理条例》。相对来说，前者对患者有利，后者对医疗机构有利。
2、在鉴定类别方面，“医疗事故损害赔偿”案件，必须委托医学会组织专家组进行医疗事故技术鉴定；而“医疗人身损害赔偿”案件则可以进行司法鉴定即可。相对来说，前者对医疗机构有利，后者对患者有利。
3、在赔偿项目方面，“医疗事故损害赔偿”没有“死亡赔偿金”，且在项目计算及赔偿系数上差异很大。
4、在赔偿数额方面，以一个城镇居民死亡为例，按“医疗人身损害赔偿”案审理，可能赔偿二十余万元；而按“医疗事故损害赔偿”案审理，则最多只能赔偿六万元。
《医疗事故处理条例》第49条第2款规定：“不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。”所以有的人就认为不构成医疗事故医疗机构就不赔偿，这显然是一种误解。《民法通则》第106条规定：“公民、法人由于过错侵害他人财产、人身的，应当承担民事责任。”
这是我国民法确立的对侵权行为造成损害予以救济的基本原则，也是法制社会对人权提供的最基本的法律保障，作为行政法规的《条例》，不可能与民事基本法的这一基本原则相抵触。《条例》调整的仅是因医疗事故而造成的损害赔偿纠纷，仅限于医疗行政处理的层面。而对于不属于医疗事故、没有经过医疗事故鉴定或者经鉴定不属于医疗事故的其它因医疗行为而造成的人身损害赔偿纠纷，自应当适用《民法通则》的相关规定处理。所以，对于《条例》第49条第2款的规定，应当理解为：不构成医疗事故的，医疗机构不能按照《条例》的规定承担赔偿责任。
但是，该条规定并没有免除其按照《民法通则》有关规定应当承担的侵权的民事赔偿责任。在有的情况下，虽然患者身体因医疗机构的过错行为受到了损害，但是经过鉴定，医疗机构的行为不构成医疗事故，或者没有经过医疗事故鉴定以及无法进行医疗事故鉴定。对于这类情况的医疗纠纷，当然不能作为医疗事故进行处理。但医疗机构仍应当对因自己的过错行为给患者身体造成的损害承担民事赔偿责任。不能因为医疗机构的过错行为不构成医疗事故，就不对受害人的损失承担赔偿责任。
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