非营利性医疗机构是指为社会公众利益服务而设立和运营的医疗机构，不以营利为目的，其收入用于弥补医疗服务成本，实际运营中的收支结余只能用于自身的发展，如改善医疗条件、引进技术、开展新的医疗服务项目等。
非营利性医疗机构的范围其实非常多，有村卫生室，还有一些具有自己特色或擅长科室，协助政府办执行社会医疗职能的医疗机构等。
非营利性医疗机构指为社会公众利益服务而设立运营的医疗机构，不以营利为目的，其收入用于弥补医疗服务成本。
对社会资本举办非营利性医疗机构，可享受与公立医疗机构同样的税收优惠政策：一是对其按照国家规定价格取得的医疗服务收入，免征各项税收。二是对其取得的非医疗服务收入直接用于改善医疗卫生服务条件的部分，经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。三是对其自产自用的制剂，免征增值税。四是对其自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。五是鼓励对社会资本举办的非营利性医疗机构进行捐赠，符合税收法律法规规定的可享受相关税收优惠政策。
财政对公立医疗机构一般实行定额补助，即每年给予一定量的财政拨款，主要用于人员工资和公用经费等日常开支。除此之外，财政还有各种卫生专项资金拨款，用于医疗机构建设、医疗设备购置等，但这些专项资金不是每年都有。各地区也存在差异。
１、经营目标不同
营利性医疗机构运行的目标是追求利润最大化；非营利性医疗机构运行目标是为特定社会目标，不以赚钱为目的。
２、分配方式不同
营利性医疗机构盈利后，投资者对税后利润可以分红，非营利性医疗机构不以赚钱为目的，但为了扩大医疗规模，也可适当盈利，但这种盈利只能用于自身发展，不能分红。
３、处置财产方式不同
营利性医疗机构经营不善而终止服务，投资者个人可以自行处置其剩余财产；而非营利性医疗机构终止服务后，其剩余财产只能由社会管理部门或其他非营利性医疗机构处置。
４、收支结余的用途不同
营利性医疗机构的收支结余是用于投资者回报。非营利性医疗机构的收支、结余不能用于投资者回报，也不能为其职工变相分配，所有利润和盈余只能投入到机构的再发展中，用于购买设备，引进技术，开展新的服务项目或向公民提供低成本的医疗卫生服务。
５、是否享受财产补贴
政府办的县及县以上非营利性医疗机构，以定向补助为主，由同级财政安排。营利性医疗机构没有任何财政补助。
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