各级人民政府对防治传染病工作负有领导组织实施责任。中华人民共和国传染病防治法规定，各级政府领导传染病防治工作，制定传染病防治规划，并组织实施;各级政府卫生行政部门对传染病防治工作实施统一监督管理。
针对传染病的预防工作，传染病防治法规定，各级政府应当开展预防传染病的卫生健康教育，组织力量消除鼠害和蚊、蝇等病媒昆虫以及其他传播传染病的或者患有人畜共患传染病的动物的危害。同时，地方各级政府应当有计划地建设和改造公共卫生设施，对污水、污物、粪便进行无害化处理，改善饮用水卫生条件。被甲类传染病病原体污染的污水、污物、粪便，有关单位和个人必须在卫生防疫机构的指导监督下进行严密消毒后处理;拒绝消毒处理的，当地政府可以采取强制措施。
疫情报告是否及时和准确，直接影响到国家决策和调控科学与否。传染病防治法规定，各级政府有关主管人员和从事传染病的医疗保健、卫生防疫、监督管理的人员，不得隐瞒、谎报或者授意他人隐瞒、谎报疫情。同时规定，国务院卫生行政部门应当及时地如实通报和公布疫情，并可以授权省、自治区、直辖市政府卫生行政部门及时地如实通报和公布本行政区域的疫情。
如遇到传染病暴发、流行，传染病防治法规定，当地政府应当立即组织力量进行防治，切断传染病的传播途径;必要时，报经上一级地方政府决定，可以采取下列紧急措施：限制或者停止集市、集会、影剧院演出或者其他人群聚集的活动;停工、停业、停课;临时征用房屋、交通工具;封闭被传染病病原体污染的公共饮用水源。
防治传染病工作不力的人员将受到严厉惩罚，传染病防治法规定，从事传染病的医疗保健、卫生防疫、监督管理的人员和政府有关主管人员玩忽职守，造成传染病传播或者流行的，给予行政处分;情节严重、构成犯罪的，依照刑法规定追究刑事责任。有关责任人员将最高受到5年以上10年以下有期徒刑的处罚。
