一般是法院或者是卫生行政部门。
《医疗事故处理条例》第二十条规定：卫生行政部门接到医疗机构关于重大医疗过失行为的报告或者医疗事故争议当事人要求处理医疗事故争议的申请后，对需要进行医疗事故技术鉴定的，应当交由负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
《医疗事故处理条例》第二十条规定：医患双方协商解决医疗事故争议，需要进行医疗事故技术鉴定的，由双方当事人共同委托负责医疗事故技术鉴定工作的医学会组织鉴定。
《医疗事故技术鉴定暂行办法》卫生部第三十号令第十三条第（四）项规定：当事人已向人民法院提起民事诉讼的（司法机关委托的除外）。由当事人向人民法院申请医疗事故技术鉴定，人民法院受理后委托医学会进行医疗事故技术鉴定以上就是对您提出的关于医疗纠纷找那个部门问题的法律依据同时建议您先同院方协商解决，倘若不行，可提起诉讼。
发生医疗纠纷，首先可以医患双方进行协商调解，调解不成的，医患任何一方均可向主管卫生行政部门提出处理请求。卫生行政部门受理后会指派专人妥善保管原始资料，封存有关医疗物品，组织工作人员展开调查，并形成文字材料。调查研究后，卫生部门会给出处理意见，一般会再次协商调解。协商不成的，会建议则建议患者或家属诉诸三级医疗事故鉴定委员会，进行鉴定。如对三级鉴定结论不服，可申请复仪或二级鉴定。如仍不服，则申请复议和一级鉴定。卫生行政管理部门和医疗单位根据鉴定结论和有关法规及制度作出相应处理。如对处理结果仍不服的，可以向当地基层人民法院提起诉讼。
1、医患双方协商调解
与诉讼方式比较起来，医患双方协商和解医疗纠纷的优势体现在几个方面。首先就是成本低廉、效率较高。协商通常是医患双方直接商谈，不存在第三方，所以在协商过程中双方容易找到对医疗行为、医疗结果及其原因认识的分歧点和解决纷争的关节点，从而快捷地解决争议，节省双方通过诉讼方式解决争议所需要的大量的精力和财力。其次是可以在很大程度上消弥因医疗纠纷所产生的医患对立，为医患双方提供了相互理解和谅解的机会。再次是有利于节约有限的司法资源，促进社会稳定。
然而协商和解医疗纠纷的上述优势要充分发挥有一个重要的前提，即医患双方遵守法律规定，理性地、友好地进行协商。但在现实当中，协商和解医疗纠纷已经成为医患双方的无奈，随着协商和解越来越多，其弊端也日益显现。
2、申请卫生行政部门处理
当事人申请卫生行政部门处理的，由医疗机构所在地的县级人民政府卫生行政部门受理。医疗机构所在地是直辖市的，由医疗机构所在地的区、县人民政府卫生行政部门受理。
3、向法院提起诉讼
向法院提起诉讼是当事人在遇到医疗纠纷是最后的选择。通过法院对案情的客观分析与看待，公正的处理医院与当事人双方之间的矛盾，这是解决医疗纠纷的最后防线。
当然，双方自行协商、请求卫生行政部门处理都不是必经程序，也可直接向法院提起诉讼。
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