为保障本市社会医疗保险参保人的基本医疗需求，规范医疗保险费用结算，《深圳市社会医疗保险定点医药机构费用结算办法》日前开始执行。
按照办法，门诊费用结算以按人头付费为主，按单元付费和按项目付费为辅。具体如下：社区门诊统筹费用按人头付费;慢性肾功能衰竭门诊血透和门诊大型医疗设备检查治疗费用等按单元付费;在定点零售药店发生的凭处方外配、直接购买非处方药的费用按项目付费;个人账户支付的门诊基本医疗费用及生育医疗保险参保人产前检查费用等按项目付费。
住院医疗费用结算以按单元付费为主，按病种付费和按项目付费为辅，具体方式如下：经市社会保险机构核定，住院次均医保费用在普通住院次均医保费用标准2倍以上、病例数30例以上的疾病费用，按病种付费。超过普通住院次均费用标准3倍以上的部分以及特殊医用材料的费用，按项目付费。长期住院的精神分裂症病人的住院医疗费用实行年度包干，按人头付费。康复病种住院及家庭病床等的医疗费用，按床日付费。其他普通住院费用按单元付费。
参保人在定点医药机构发生的医疗费用，属于医疗保险基金支付的，由市社会保险机构按月支付;属于参保人自付的，由定点医药机构向参保人直接收取。定点医药机构有违规情形的，违规的医疗费用市社会保险机构不予支付;参保人在定点医疗机构就医被认定为医疗事故的，因医疗事故及其后遗症所产生和增加的医疗费用市社会保险机构不予支付。
2008年出台的《深圳市社会医疗保险费用结算办法》废止。
