非法行医罪的主体问题之争纷繁复杂，但归结起来有四点：一是一般主体与特殊主体之争;二是执业资格之争;三是超地点、超类型、超范围行医之争，即所谓“三超”之争;四是集体执业医师擅自从事个体执业之争。执业主体之争导致司法界在追究非法行医罪过程中罪与非罪、此罪与彼罪的标准不统一，甚至混乱。
1.一般主体与特殊主体之争。
一般主体说认为，作为犯罪主体的“未取得医生执业资格的人”，既可以是无医疗技术的一般公民，亦可以是有一定的医疗专业技术但未取得医生执业资格的人，还可以是有取得医生执业资格但不具备从事特定医疗业务资格的人员。笔者对这一观点不敢苟同。一般主体说把非法行医罪的主体扩大化，超出非法行医刑事立法的本意，模糊了罪与非罪、此罪与彼罪的界限，造成法律实施的困难。
一是此罪设立的目的在于打击、遏制危害中国多年的无证行医之祸害。一般主体说扩大了打击面，必然把本不应追究刑事责任的医疗技术事故或并非“严重不负责任”的医疗责任事故的主体列入被追究刑事责任的主体范畴。如有执业资格的内科医生从事外科手续，由于技术原因和不负责任?非严重不负责任?造成医疗事故，如果行为人被列入非法行医罪的主体，那么，其就应当按照非法行医罪被追究。二是非法行医罪比医疗事故罪处刑重得多。宽严程度不同证明两者立法的价值取向是不能等同的。把同一行为适用于不存在法规竞合的两罪可能引起司法混乱。如合法行医的个体医生因超范围行医造成就诊人死亡的，按照一般主体说的观点，应定非法行医罪;按照特殊主体之说，应定医疗事故罪。三是对以上两种行为追究刑事责任技术上有困难。医生的行为往往是职务行为，医生因服从安排从事非本职的诊疗活动造成的医疗技术事故和医疗事故?非严重不负责任?，如果按非法行医罪追究，应追究谁呢?
特殊主体说认为，非法行医的主体是特殊主体，即未取得医生资格的人。立法本义是非法行医罪限定在未取得医生执业资格的人的范围之内，也就是排除已取得医生执业资格的人实施本罪的可能性。
以上两种观点分歧在于如何认定和理解“未取得医生执业资格”这一概念上。笔者同意特殊主体说。
2.执业资格之争。
司法界对只有医师资格而未取得医疗执业许可证的人，能否成为本罪主体也有争论。其实，我国《执业医师法》第8条、第13条和第14条已有明确的规定：“国家实行医师资格考试制度”，“国家实行医师执业注册制度”，“未经医师注册取得执业证书，不得从事医师执业活动”。国务院《医疗机构管理条例》以及《医疗机构管理条例实施细则》也有类似的规定。从逻辑上说，取得了医生执业资格的人当然具有执业医师资格，但取得了执业医师资格的人不一定具有医生执业资格。医师资格考试合格，只意味取得了执业医师资格，满足了医生执业资格的条件之一。简而言之，是否能成为本罪的主体，以医生执业资格为标准，而不是以执业医师资格为标准。医生执业资格与执业医师资格是不同的两个概念。一般来说，非法行医罪的犯罪嫌疑人和被告人，由于两个概念的混淆，出现法律上的认识错误或出于狡辩，把自己在法律上构成犯罪的行为认为不与构成犯罪。但这不影响本罪的认定。当然，具有医师资格的人行医的危害往往会小一些，但这不能排除其成为本罪主体的理由。因此，只要未取得行医执业证书的人，即“未取得医生执业资格的人”行医就可以成为本罪的主体。
3.“三超”执业之争。
具有医生执业资格，但超执业地点、超执业类别、超执业范围执业的人是否构成本罪，也构成主体之争。“三超”之争与一般和特殊之争有交叉，但不尽相同。因为，虽然“三超”包括国家、集体和个体医生，但本文的“三超”只就个体执业者而言。持肯定的观点认为，取得医生执业资格，但超出了卫生行政部门核准的范围行医，造成就诊人死亡的，应以非法行医罪认定。理由是，尽管行为人在核准登记的范围内具有行医资格，但超出了类别和范围行医，与其他人员的非法行医并没有本质的区别，按照非法行医罪处理不仅符合客观实际，而且也有利于遏制乱诊治行为的发生，有效保护就诊人的身体健康。笔者认为这一观点在道理上是说得过去的，代表了相当部分人的立法价值取向和价值目标，是追究非法行医刑事责任的价值判断，更适用于立法领域。但在现有的刑法体系中却是站不住脚的。因为如果按照肯定说观点执法，那么，非法行医罪与医疗事故罪在现有的刑法中不是互相弥补而是互相冲突的关系，必然打破现有的平衡而无法建立新的平衡?参考第1点论述?，也就是通常说的合理而不合法。我们是在司法的领域讨论非法行医罪，因此，我们更需要的是事实判断，而不是价值判断。超执业地点有两类情形：一是超出执业注册机关的辖区范围，所谓异地执业。这一情形应按非法行医论处
