非法行医犯罪与医疗事故罪都属于危害公共卫生方面的犯罪，二者在客观上都可能是因为在从事医疗卫生工作，具体来讲，是在诊疗过程中造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康的后果。这是两者相似之处。两者的区别主要在于：
一是客观方面表现不同。非法行医犯罪在客观方面表现为，违反国家有关医疗管理的法律、法规的规定，非法行医，情节严重的行为。即是未取得医师执业资格的人，违反国家规定非法为他人诊疗疾病而造成了刑法规定的严重后果。
如刚从医学院校出来，未取得经国家执业医师考试资格的学生、未经国家许可行医的乡村医生行医造成了病人死亡。医疗事故罪在客观方面表现为，医务人员在合法的诊疗护理过程中，违反规章制度，严重不负责任，造成就诊人死亡或者严重损害就诊人身体健康的行为。
即是已取得执业医师资格的行为人，在合符相关规定的范围内从事医疗卫生工作中，因违反规章制度、工作严重不负责任而造成就诊人员刑法所规定的严重后果的行为。如某公立医院的护士在未作皮试的情况下为病人注射青霉素针剂而造成病人死亡和行为。
二是犯罪主体不同。前者的主体是不具有医生执业资格的人，即是既未取得国家执业医资格同时又未经国家卫生行政主管部门许可而行医的人。后者的主体是已经取得医生执业资格的医务人员。是既取得国家执业医师资格又取得国家卫生行政主管部门许可的合法行医的医务人员。
三是主观方面表现不同。前者对行为人造成就诊人死亡或严重损害就诊人身体健康后果，所持的心理态度既可以是过失，也可以是间接故意。但是，对于违反医疗管理制度的行为，是直接故意。后者对造成严重不良后果所持的心理态度只能是过失。
