由于行医是关系到人民生命健康的特殊职业，国家在这方面的管理制度是较为严格的。对于行医者的资格，要求经过正规的专业教育和严格的职业培训，以保证服务质量，保障人民生命财产安全;对于行医活动，制定了一整套管理工人规范及制度，以促进医疗卫生事业健康发展。尽管如此，由于种种原因，我国行医者管理工作仍面临着许多有待解决的问题。
1.非法行医的行政责任。为了加强对医疗机构的管理，促进医疗卫生事业的发展，保障人民健康，国务院于1994年发布了《医疗机构管理条例》。该法第24条规定：“任何单位或个人，未取得《医疗机构执业许可证》，不得开展诊疗活动。”第44条还规定：“违反本条例第二十四规定，未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业的，由县级以上人民政府卫生行政部门责令其停业活动，没收非法所得和药品、器械，并可以根据情节处以1万元以下的罚款。”此外，卫生部发布的有关行政规章，如《医师、中医师个体开业暂行管理办法》，其中也规定了取缔、打击非法行医的财产处罚方法，即没收非法收入和药品、器械，可并处罚款。
改革开放以来，国家对非法行医的查处和取缔工作始终抓得很紧，平时由卫生行政部门负责查处，无论是否已给病人造成危害，也无论获得多少营利，一经发现，立即予以取缔，并处财产处罚。除此之外，各地政府每年都要组织联合突击取缔行动，由卫生行政、工商、公安等部门共同参加，在取缔和财产处罚的基础上，对外地流窜的非法行医者，还予以遣送回乡。
例如，某卫生院在职医生，既未征得本单位同意，也没有向卫生局申请批准，更无《医疗机构执业许可证》，擅自开设诊所，开展诊治活动，并安排非卫生技术人员参与医疗活动。县卫生局发现后，依照有关法规，对该非法行医行为作出处罚决定：取缔诊所，没收药械，并处1000元罚款。
2.非法行医造成损害的民事责任。由于非法行医的主体一方，不附合医疗纠纷的特征要求，由此造成的病人人身损害事件，不属于医疗纠纷，更不构成医疗事故。就民事责任而言，不能依照《医疗事故处理办法》承担补偿责任，而应适用《民法通则》关于人身侵权损害赔偿有关规定承担赔偿责任。
我国民法理论上，人身损害赔偿原则历来是对人身伤害赔偿由此造成的财产损失。即侵权行为造成他人人身损害的赔偿数额，以人身伤害而引起的财产损失为标准，实际损失多少财产就赔偿多少。赔偿范围的法律依据是《民法通则》第119条。主要项目有：医疗费、交通和住宿费、死者的丧葬费、残疾者的生活补助费、受害人的误工工资、护理人员误工补助费、死者生前或残疾者致残前抚养人的生活费和其他必要的支出。
此外，有学者认为，非法行医损害赔偿案件，除必须承担财产赔偿责任外，还应给予必要的民事制裁措施。其法律依据是《民法通则》第134条的规定，即：“……，人民法院审理民事案件，除适用上述规定外，还可以予以训诫、责令县结悔过、收缴进行非法活动的财物和非法所得，并可以依照法律规定处以罚款、拘留。”其理论根据是，医疗活动就医患双方提供和接受医疗服务的角度而言，是平等主体之间的民事活动。诚实信用和遵守法律法规、社会公德，是民事活动的基本原则。为牟财物而无照行医，非法刊登医疗、药品广告，销售使用假药，聘用不合格的医务人员等，最终导致病员健康严重受损。这类行为，违背了民事活动的诚信原则和合法原则，是民事违法活动的典型表现，所以对非法行医理应采取相应的民事制裁措施。
3.非法行医犯罪的刑事责任。非法行医不仅无视国家法律，不经卫生行政管理部门批准，需要承担相应的行政责任和民事责任。而且普遍表现为医疗技术水平低下，甚至根本不懂得医学，往往给病人造成较为严重的损害，直至危及生命。
由于非法行医与医疗纠纷的性质不同，承担刑事责任的范围和条件也有很大差别。从本质上讲，非法行医与其他普遍伤害是相同的，但从犯罪的主观方面来分析，非法行医无论手段如何恶劣，仍然属于过失犯罪。即非法行医者对发生的伤害结果应该预见，因轻信能够避免，以致发生了这种结果，非法行医者对伤害结果的发生不是持希望或放任的态度，而是持否定的态度。值得注意的是，有的非法行医乾，不是靠诊疗营利，而是打着诊疗的旗号，或直接骗取钱财，或兜信号伪劣 “药品”，或在病人身上实施明知有毒或有害的措施，此时已不属于单纯的非法行医，应按故意犯罪追究相应的刑事责任。
根据非法行医的病人造成的损害程度，行为人应分别承担过失重伤罪和过失杀人罪的刑事责任。过失重伤罪，要求致人伤害的程度必须达到重伤。过失致人轻伤的，因对社会危害不大，不构成犯罪。
《中华人民共和国刑法》第336条规定了非法行医罪的构成及刑事责任。“未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金;严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金;造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金”。 “未取得医生执业资格的擅自为他人进行节育手术，假节育手术，终止妊娠手术或者摘取宫内节育器，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金;严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金;造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。”
