月饼的馅一般分为软硬两种。软馅中含水分较多，只能保存7天到10天，而硬馅月饼则可保存1个月左右。
月饼含有丰富的油脂和糖分，受热受潮都极易发霉、变质，所以一定要将月饼存放在低温、阴凉、通风的地方。
一般来说，月饼皮软、水分大、易变质，最好将月饼连包装盒一起放入冰箱冷藏室，食前一小时取出，可保证它的口味，在25摄氏度的环境下，杏仁、百果等馅心月饼可存放15天左右；豆沙、莲蓉、枣泥等馅心月饼，存放时间则不宜超过10天；如果气温超过30摄氏度，月饼存放的时间还应该适当缩短，一般不宜超过7天；至于鲜肉、鸡丝、火腿等月饼，应随买随吃。
月饼存放时，不宜与其他食品、杂物放在一起，以免串味，失去应有的口味和特色。
