转基因食品是通过基因技术加入了外来基因或去除原有基因的食品。许多人担心，吃了转基因食品动植物的基因会转移到人体中。这是由于不了解基因作用原理而产生的一种误解。几乎任何食品都含有基因，不论基因的来源如何，构成基因的物质DNA(脱氧核糖核酸)进入人体后，都会被酶分解破坏成小分子，不可能将外来遗传信息带到人的基因组里。从这个角度上说，转基因食品与传统食品并没有差别。
导致公众对转基因食品担忧的因素还有：转基因食品可能产生新的有害物质或过敏源；自身能制造杀虫毒素的转基因作物，毒素可能伤害其他生物，或进入食物链威胁家畜与人类健康；转基因作物可能与野生亲缘作物杂交，造成“基因污染”；抗虫害的转基因作物，可能导致对其毒素有抵抗力的害虫获得生存优势，成为新的“超级害虫”。
这些风险中，有的可通过有效的管理来消除，有的需要进一步科学研究予以确认。对食品进行严格的毒性与过敏性检测可以有效减少食品对人类健康的危害。在转基因农田附近留出小块的传统农田供害虫生长，有助于防止超级害虫出现。科学家正在对转基因作物的生态影响作进一步研究和试验，希望根据准确的数据来制订策略，预防负面影响。
实际上，自然界中的基因重组一直都没有停止过，人类今天种植的普通谷物正是几千年自然选择和人为选择的结果。我们在吃这些食物时，就吃进了从这种食物的野生亲缘种来的抗病基因和各种其他基因。这是一般人没有意识到的。传统的杂交育种会引入成千上万个新基因，其中许多基因是人类尚不了解的，不知道会引起什么后果。而转基因技术只是在已经普遍种植的作物品种中，加入一两个已知性状的新基因，因此它培育新品种的效率更高，而风险并不比传统育种更大。
据报道，包括婴儿食品在内，转基因食品目前在美国市场上已接近4000种，有两亿多人食用，近9年来未见一例有关转基因食品安全事件的报道。到目前为止，全球实现商业化的转基因作物种植面积达几千万公顷，也没出现确定的环境安全问题。转基因食品安全性问题之所以在欧洲闹得沸沸扬扬，这主要源于欧洲人对食品安全问题深深的忧虑，疯牛病、“二恶英”污染、禽流感、口蹄疫等一连串事件早已让他们吃够了苦头。在对转基因食品不甚了解的情况下，许多人都对它产生了本能的偏见，以至于排斥。
转基因技术是一种新的尖端生物技术，在提高粮食产量、减少农药使用、生产含有更多营养成分的健康食物方面有巨大潜力。公众存在担忧情绪，主要是怕它被错误地利用。一些学者认为，与任何食品一样，转基因食品的安全性需要慎重对待和严格管理，转基因作物对生态环境的长远影响也需要更多的跟踪研究。面对转基因食品，我们需要的是严谨的科学态度，而不是简单地给予偏见或排斥。
