据介绍，目前已知有200多种疾病可以通过食物传播，已报道的食源性疾病致病因子有250种之多，其中大部分为细菌、病毒和寄生虫，其余为毒素、金属污染物、农药等有毒化学物质。
肠道致病菌（约10种）是食源性疾病中最常见的生物致病因素，感染后可引起细菌性食物中毒和多种感染性腹泻。通过食品传播的病毒主要有诺若病毒、甲肝病毒等，感染后可引起病毒性腹泻、甲肝等疾病。目前，我国病毒性腹泻发病率呈明显上升趋势，仅次于细菌性腹泻。可引起食源性疾病的寄生虫主要是华枝睾吸虫和阿米巴原虫，感染后可分别引起肝吸虫病和阿米巴痢疾。
解放军302医院刘士敬博士说，我国生物性食物中毒事件中，常见的重要致病菌和食物为：沙门氏菌（禽、畜肉）、副溶血性弧菌（水产品）、蜡样芽孢杆菌和金黄色葡萄球菌（剩饭）、肉毒杆梭菌（发酵制品、肉制品）、李斯特单核细胞增生菌（乳制品）、椰酵假单细胞菌（银耳）和肉制品大肠杆菌等。据刘博士介绍，引起食源性疾病的致病微生物种类主要包括6类：
肠炎沙门菌
沙门菌作为食源性疾患的致病菌，已被认识数十年，在许多国家很常见。肠炎沙门菌在西半球和欧洲目前是占主导的致病菌，此菌多与用肉和蛋品有关。
霍乱
霍乱主要为水源性感染，但也可通过进食被污染食品间接感染。冰冻和生的或未彻底加工的海产品也是重要的传播媒介。
埃希菌属
1982年第一次发现引起食源性疾病，随后它就成为食源性疾患引起的血样便腹泻和肾衰的主要原因，有时它是致命的，尤其是对儿童而言。1996年，日本发生了一起因埃希菌属引起的食源性疾病的暴发流行，受感染人数超过6300名学生，其中2人死亡，这是有史以来由该菌引起的最大爆发流行。在澳洲、加拿大、日本、美国、一些欧洲国家和南美洲，都有报道与食用牛肉有关，还发现该菌的暴发也与未经高温消毒的果汁、野味、莴苣、奶酷和苜蓿有关。
单增李斯特菌
近年来才发现与食物有关，该病的发生常与消费地冰箱内贮存较长时间的奶酷、肉制品有关，因为可以在5℃低温下繁殖。李斯特菌病已在许多国家发生，包括澳洲、瑞典、法国和美国，其中最大的两起是1999年的美国和2000年的法国，分别是由于食用了污染的“热狗”和猪舌。该菌感染会引起孕妇流产和死胎，婴儿、免疫力低下的人会发生败血症和脑膜炎。
食源性吸虫
食源性吸虫已成为严重的公共卫生问题，尤其在东南亚和拉丁美洲地区，该病发生常伴有水产品消费量增加，是因为食用不卫生的或生的和简单加工的鲜淡水鱼和水产品，食源性吸虫会引起肝、肺等器官损伤，如肝吸虫严重者可发展为肝癌。估计目前全球有4000万受感染。
牛海绵状脑病（疯牛病）
牛海绵状脑病是一种致死、可传染、脑组织退化的家畜病，该病于1986年首次在英国发现。其致病因子侵害牛的大脑和骨髓，造成在显微镜下观察象海绵体样的变化，该物质污染了作为牛饲料添加剂回收的牛肉和牛骨头，目前已经有19个国家报道BSE流行，而且不单在欧洲，在日本的牛群中也有发现，1996年人间曾经发生可传播的海绵体组织的脑膜炎，认为与接触BSE的致病因子（可能进食污染的牛肉食品）有密切的关联，该病亦称“雅克布病”，到2002年1月有119人患病，大多数来自英国，5例是法国人。
