必须要分开办。通行证相当于护照，入台证相当于签证，所以是不同的。通行证必须户口所在地的公安局办，入台证必须要找旅行社办，淘宝或者定自由行产品的时候可以一起办了。注意，没有通行证原则上是不能订机票的，所以要去的话，可以尽早办好，等特价机票，一般时间办理时间是15个工作日。
台湾通行证即大陆居民往来台湾通行证，是中国大陆地区居民往来中国台湾地区所持有的证件，一般与《入台证》一起检查。从2015年7月1日起《大陆居民往来台湾通行证》的有效期由原来的五年改为10年。
（一）申请条件
１、大陆地区居民因私事前往台湾地区探亲、定居、访友、接受和处理财产，处理婚丧及其他私人事务。
２、大陆居民应邀前往台湾进行经济、文化、科技、体育、学术等活动或者参加会议、进行两岸事务性商谈、采访，以及执行海峡两岸直航航运任务等。
（二）办理程序
向户口所在地公安机关出入境管理机构申请；符合异地办理条件的，可以向居住地公安机关出入境管理机构申请办理。
入台证，全称台湾地区入出境许可证，是中华人民共和国台湾地区行政当局“内政部移民署”发给大陆地区（含港澳）居民，用以出入台湾地区的证件。
办理步骤：
自参加旅游之日起15个工作日前，将《申请表》送至当地公安局审核。除下列人员外，均不需单位或派出所盖章
1、国家公务员和参照、依照国家公务员制度管理的人员，及部、省属单位的副厅（局）以上离（退）休人员。
2、部、省事业单位处级以上的干部。
3、新世纪科技人才培养工程的培养人选和享受政府特殊津贴的科技人员，以及部、省属单位具有副高级职称以上的科技教育人员。
4、银行、证券、信托、保险等金融机构中层以上干部及重要岗位的人员。
5、承担、参与涉及国家政治、经济、科技、商业、安全等秘密单位的重要岗位人员，以及离开涉密岗位仍在脱密期内的人员。
6、市属国有企业的领导干部，省属国有企业的中层以上领导干部，国有控股企业的董事长、总经理，参股企业的国有产权代表。
7、其他有必要列入报备管理的人员。
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