１、申领设立外商投资企业的批准证书。首先需要申报项目立项，接着提交可行性报告、合同、章程，向外经贸审批机关申请审批，取得批准证书。
２、办理工商注册登记。在取得外商投资企业批准证书之前，要先进行企业名称预先核准。填写《企业（公司）名称预先核准申请书》，并由股东签名或盖章（自然人股东签名、法人股东盖章）向工商部门申请企业公司名称保留，取得《企业（公司）名称预先核准通知书》。
３、办理组织机构代码手续。外商投资企业取得营业执照后，应当向技术监督管理局申领组织机构代码证。需提交以下材料：《组织机构代码申报表》、批准证书原件及复印件、营业执照副本原件及复印件、法定代表人身份证或者护照及复印件。
４、办理用地手续。通过签订土地使用协议或者厂房租赁协议取得外商投资企业生产场地。外商投资企业获得土地使用权需到国土房产管理部门办理用地手续。
５、办理外汇登记手续。外商投资企业自营业执照颁发之日起30天内，向注册地外汇管理局办理外汇登记手续，领取《外商投资企业外汇登记证》，需提交以下材料（复印件）：审批机关批准生效的合同、章程；审批机关核发的批准证书；工商行政管理局颁发的营业执照及副本等。外汇管理局审核上述文件后，填写并颁发《外商投资企业外汇登记证》。
６、银行开户。
（１）开立外汇账户。
（２）开立人民币账户。
７、税务登记。外商投资企业应在领取营业执照之日起30日内，持以下材料（复印件）向主管税务机关申报办理税务登记：工商行政管理局颁发的营业执照副本；合同、章程及其批准文件；审批机关核发的批准文件；可行性研究报告及批准文件；企业董事会组成名单等。
８、海关备案手续。外商投资企业报关注册需提交以下材料：审批机关核发的批准证书；工商行政管理局颁发的工商营业执照；企业合同、章程；批准进口设备清单；企业验资报告等。
１、税收：目前随着税法的调整，在税收优惠的层面，除了外资企业无需缴纳５％的营业税附加费，其他基本上差不多。
２、准入：二者首先可以从事的行业是不同的，根据《外商投资企业指导目》规定，我国的行业对外资分为鼓励、允许、限制、禁止四类。但对内资企业无此要求。
３、投资：在进行境内投资时，外资企业同样需要当地商委、特殊行业还需要相应部委（商务部工商总局）的审批，拿到批准以后才能继续进行投资，在进行境外投资的时候二者的待遇则基本一致，从办理流程上说没有区别。
４、设立与变更：以两种设立的东西来说，外商投资企业更繁琐，需商务部门的批准，如果是特殊行业还需要相关部委的核准，拿到部委的批文后才能去申请外商投资企业的批准设立的证书再去办理营业执照。内资企业设立相对简单。变更事项的时候，外资企业通常都需要审批机关的再次审批，内资企业则不需要。
５、外汇：一般来说内资企业办理外汇账户必须通过外管局审批而且要达到一并标准才能开设，但外资企业在设立外币账户方面就有较大的优势。不需要前置审批就可以开设好几种类型的外汇账户。特别是在境外借债的时候，外商投资企业还有优势，不需要前置审批。而内资企业则需要审批。
６、许可证：与准入政策相关，很多行业即使没有明确的限制外商经营，但外资企业在审批的时候都比内资企业要麻烦。变更也更加麻烦一些。
７、上市、发行债券：目前外资企业在华不能上市，也不能公开发行债券。虽然国内出台政策说要逐步放开和鼓励。
８、劳动：目前，外资企业与员工签署劳动合同后需要到所在劳动部门进行见证。内资公司不需要。
９、责任：内资企业承担有限责任，外资企业承担无限责任。
外资企业是一个总的概念，包括所有含有外资成分的企业。依照外商在企业注册资本和资产中所占股份和份额的比例不同，以及其他法律特征的不同，可将外资企业分为三种类型：
１、中外合资经营企业。其主要法律特征是：外商在企业注册资本中的比例有法定要求；企业采取有限责任公司的组织形式。故此种合营称为股权式合营。
２、中外合作经营企业。其主要法律特征是：外商在企业注册资本中的份无强制性要求；企业采取灵活的组织管理、利润分配、风险负担方式。故此种合营称为契约式合营。
３、外资企业。其主要法律特征是：企业全部资本均为外商拥有。
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