外商投资企业关联企业之间股权转让业务是新《企业所得税法》中“非居民管理”的难点。杭州市江干区国税局近期对杭州某工具有限公司关联企业股权转让征收预提所得税过程中，积极探索，正确运用税收协定并进行了特别纳税调整，对外方股东转让股权收益征收了预提所得税122万元，既维护了国家主权，又在非居民税收管理中实现了新突破。
杭州某工具有限公司原系1993年成立的外商独资企业,2000年整体转让给香港某工具有限公司，后香港某工具有限公司和某工业有限公司(英属维尔京群岛)分别占股份19%和81%。2007年末公司再次整体转让，成为杭州某科技有限公司的全资子公司，转让价格为该公司净资产价格，即平价转让。企业递交了股权转让不予征收企业所得税的申请。
江干区国税局在认真审核企业详细情况后，根据《关联企业业务往来管理规程》，认定杭州某科技有限公司、杭州某工具有限公司、香港某工具有限公司和某工业有限公司构成关联企业。杭州某工具有限公司成立10多年来，创立了多个自有品牌，拓展了国内外市场和营销渠道，业务和利润持续见长，未来市场继续看好，这种情况下的平价转让，该局认为该股权转让价格有悖于公平交易原则。在缺少类似的可比价格的情况下，江干国税经过和企业的几翻磋商，分析未来几年企业的增长趋势以及税率、汇率、退税率等对企业利润的影响，最后达成在原转让价格基础上溢价1140万元作为转让定价调整。
由于香港某工具有限公司占股权19%，该公司认为香港某工具有限公司所占股份不到25%，不用在内地征税。根据国税函(2007)403号《国家税务总局关于<内地和香港特别行政区关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的安排>有关条文解释和执行问题的通知》第十三条第五款，“即如香港居民曾经拥有内地公司25%以上的股份，当其将该项股份全部或部分转让并取得收益时，内地拥有征税权。”江干国税局再次驳回了企业申请，香港某工具有限公司在我境内的股权转让收益必须在国内完税，有效防止了企业滥用税收协定。
