(1)并购交易的标的不同。股权并购的交易标的是目标企业股权;资产并购交易的标的是目标企业的资产。所谓资产，就是组成企业的个别资源，如机器、厂房、土地、知识产权、特许权、商誉以及其他财产性权利。
(2)并购交易的双方当事人不同。股权并购的交易双方当事人是外国投资者与目标企业的股东;资产并购的交易双方当事人是外国投资者与目标企业。但是，股权并购中还有外国投资者购买目标企业增资或增发的股份这两种特别的形式。在上述两种股权并购模式中，并购交易的当事人是外国投资者和目标企业，而不是外国投资者与目标企业的股东。
(3)并购完成后目标企业的法律地位不同。股权并购完成后，目标企业的法律地位变为外商投资企业，这是因为外国投资者成为目标企业的股东的原因;资产并购完成后，目标企业的法律地位不会发生变化，外国投资者并不加入目标企业，而是另外设立外商投资企业来实际运营所购买的资产。
(4)外国投资者承担的风险不同。股权并购完成后，外国投资者成为目标企业的股东，自然要承担目标企业的债务;资产并购完成后，外国投资者购买的是干净资产，目标企业的债务不会随资产转移到外国投资者设立的外商投资企业，外国投资者无需承担目标企业的原有债权债务和法律诉讼的风险。
(5)审批风险不同。股权并购过程中，由于外国投资者购买目标企业的股权后使目标企业的性质发生了变化，所以需要履行较为严格的政府审批手续，这使外国投资者承担了比较大的审批风险;资产并购过程中外国投资者承担的审批风险较小，因为需要审批的事项较少。
