《民法通则》规定了民事权利的两类诉讼时效期间，即一般诉讼时效期间为二年和包括“身体受到伤害要求赔偿的”几种特殊情况适用的特殊诉讼时效期间为一年。在通常情况下，医疗机构和患者之间因医疗行为而建立医疗服务合同关系，也就是说，正常情况下医患之间只存在合同法律关系；然而，当医疗机构在医疗行为中违反合同或法定义务给患者造成不合理医疗损害的同时不可避免地会侵害患者的生命、人身和精神健康等合法权益。可见，在医疗损害纠纷赔偿案件中，存在着违约责任与侵权责任的竞合。按照我国合同法第122条关于请求权竞合时只能选择其中一种请求权的规定，法官在医疗纠纷案件的审判实践中应该允许患者选择更有利于自己的请求权即提起违约之诉或者侵权之诉。因此，只有当患者选择侵权作为诉因即仅以“身体受到伤害”要求医疗机构赔偿时才适用一年的特殊诉讼时效；如果当患者选择违约作为诉因，即以医疗机构违约造成患者人身和精神伤害要求医疗机构赔偿时，可适用二年的一般诉讼时效。否则，如果不分情况只要是因“身体受到伤害要求赔偿的”，就简单地一律适用一年的特殊诉讼时效，不仅不利于保护作为弱者的患者和家属的合法权益。
关于医疗损害纠纷赔偿案件诉讼时效的起算点问题。我国《民法通则》和《最高人民法院关于贯彻执行〈中华人民共和国民法通则〉若干问题的意见（试行）》（以下简称《意见》）对于人身损害赔偿的诉讼时效期间已有明确规定，由医疗行为引起的不当人身损害赔偿应该适用之；但由于医患关系的特殊性，这些规定存在着不能有效保护患者（医患关系中的弱者）利益和在审判实践中难以操作和准确把握的问题。《民法通则》第137条规定，诉讼时效期间从知道或应当知道权利被侵害时起计算 。 《意见》第168条规定，人身损害赔偿的诉讼时效期间，伤害明显的，从受伤害之日起算；伤害当时未曾发现，后经检查确诊并能证明是由侵害引起的，从伤势确诊之日起算。在审判实践中对于由医疗行为引起的不合理的人身损害赔偿案件，如果完全适用上述规定，显然不利于对作为弱者的患者利益的保护。因此，人民法院在审理医疗纠纷案件中，往往从有利于患者的角度出发，尽量不用“应当知道”的推定性语言来推定诉讼时效的起算点，而以患者实际确定自己受到的人身损害与医疗行为的因果关系时间作为诉讼时效的起算点，并且主张由医院承担诉讼时效已经届满的举证责任。这样，对医疗机构来说似乎不够公平和合理。这类医疗损害纠纷赔偿案件诉讼时效的起算点，应根据民事立法“效率优先、兼顾公平”的精神和司法“保护弱势群体”的理念，结合《民法通则》及其《意见》等的相关规定以及医疗纠纷的特殊性，公平合理地予以确定。
因此，在确定医疗损害纠纷诉讼时效的起算点时，一方面应该从损害后果（可表现为后遗症、感染其它症状或疾病等）症状固定时开始计算诉讼时效，确定症状固定的证据包括成熟的医学理论、医学规则、医生证明、病历、诊疗检验单等；另一方面，还应当合理考虑诉讼时效的中止和中断事由。如果有足够的事实和理由确信患者在某一特定时间“应当知道” 其身体所遭受的损害与医疗行为有因果关系时，应当以这一特定时间作为诉讼时效的起算点。
