医疗事故处理条例规定的医疗事故责任具有行政责任和民事责任双重性，如果用行政法规来规范民事责任，就难免有一定的缺限和不足。除了民事责任与行政责任的一般区别外，就医疗事故责任与民事赔偿责任而言，二者还存在两方面的差异，民事责任是社会的基本关系，主要应由国家的基本法律、法规、规范来调整，两项责任在性质上有着本质的不同。
一、民事责任的构成要件与行政责任的法定构成要件存在明显的差别，民事责任特别是侵权的民事责任，在行为的违法性、因果关系、过错认定上均较行政责任广泛，因此，当存在医疗事故鉴定书划分责任的情况下，首先需要分清楚医方承担的是什么责任，是一种什么性质的责任，鉴定书中的责任划分是否可以作为民事赔偿责任比例大小的判断依据，正确区分医疗事故中的民事责任与行政责任问题，同时还要结合民事诉讼证据若干规定第四条八项的规定。因医疗行为引起的侵权诉讼，由医疗机构就医疗行为与损害结果之间不存在因果关系及不存在医疗过错承担举证责任，就此具体明确医疗机构是否该减轻民事赔偿责任。
二、医疗事故技术鉴定结论中关于医疗机构承担的责任比例，并非是其承担民事赔偿责任比例的唯一判定依据，人民法院在审理医疗事故纠纷案件中，不应当简单的依据该责任划分比例，并据此来确定医疗机构应当承担的民事赔偿责任比例，因为、技术鉴定书中关于医疗机构承担责任比例的论述，是医疗事故鉴定机构从医学角度依据医疗事故处理条例这一行政法规的规定作出的，其在确定医疗机构承担责任比例时，对医方的过错程度和因果关系所依据的判定条件和标准与侵权民事责任中的过错程度和因果关系判定条件和标准明显不同。
三、在侵权民事赔偿责任中，行为人的过钷包括故意和过失，而过失又分为重大过失和一般过失，但行为人的过失程度大小的认定采用客观说，不考察行为人在实施行为时主观心理状态与损害结果间的关系，而以行为人所实施的行为与损害结果之间的客观关系作为主要的考察对象。在确定行为人的过错程度和损害结果关系时，民事赔偿责任要件不考虑行为人的预见和防止损害结果发生的主观能动力。而在医疗事故行政责任中，医疗事故是医疗机构及其医务人员存有主观过失造成患者人身损害的行为。对于“过失”的概念，卫生部相关表述：过失是指行为人由于疏忽大意和过于自信两种心理状态所造成的危害结果，这样可以看出，医疗行政责任中强调的是行为人主观上的心理状态，此外，根据医疗事故处理条例规定，医疗事故行政责任，必须是医疗机构和人员在医务活动中产生，且该行为违反医疗卫生管理法规、行政法规、部门规章、和诊疗护理规范、常规的行为，强调的是行为的违法性，限定了医疗事故行政责任的客观性。而在民事侵权法当中，行为的违法性蕴含在行为人的过错要件中，首先表现为如果发生违法行为则当然摧定为具有过错，其次是行为人虽然没有违法性，但其行为与损害后果之间有因果关系，且该行为的实施是由于行为人未履行相应的安全注意义务和说明义务引发，由此可见，医疗行政责任和民事赔偿责任在过失的认定上即存在着显著的不同。侵权民事责任对过失的认定范围明显大于医职事故行政责任。
四、医疗事故涉及的是公民的生命健康权与财产权，本质上属于民法调整的范畴，人民法院在审理医疗事故纠纷案件时，不能完全将医疗事故处理条例规定的医疗事故行政责任的构成要件照搬为民事侵权损害赔偿责任的构成要件。应当结合我国民事立法及民事理论的的原则处理。确认民事赔偿责任时，要依据民法通则第一百零六条规定：公民、法人由于过错侵害他人人身健康的，应当承担民事责任。将损害事实与损害行为间是否有因果关系以及损害行为是否有过错作为确定损害行为人承担民事赔偿责任范围的法定要件。
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