农村房产证一般是《农村集体土地使用证》，县级政府土地管理部门在核发这个证书时，也有一个审查过程，并存在可备以后查询的底档。如果您把这个证书丢失了，可以持有效的身份证件到原核发机关进行申请补发。一般各地对于补发这类证书，都需集体经济组织即村委会开出证明，然后还要先登报声明原证丢失作废，在公告期满后，由核发机关审查后，予以补发。这个程序大体就是这样，具体在办理时，各地有可能有细微差别，请您到当地区县房地产管理部门咨询办事流程即可。