由发包人、承包人和指定分包人签订三方协议，根据协议的约定各自享有权利和履行义务，该种模式下形式上是由建设单位、承包人同意后共同决定分包人，但实质上分包人多由发包人直接指定，承包人的主要作用在于按照三方协议的约定履行分包人管理等义务。指定分包合同并不会因为建设单位的指定分包行为而直接无效，但存在行政管理上的风险。住房和城乡建设部《关于进一步加强建筑市场监管工作的意见》建市〔2011〕86号第（四）条：禁止建设单位指定工程分包单位。承包单位对其承包范围内的部分专业工程依法进行分包时，建设单位不得指定分包单位，不得要求承包单位购入其指定的建筑材料、构配件和设备，不得采用与总承包单位、分包单位签订“三方协议”的方式变相指定分包单位。”《合同法》第五十二条第五款明确指出违反法律、行政法规的强制性规定的合同无效，然而《关于进一步加强建筑市场监管工作的意见》属于部门规章，低于法律和行政法规的效力，因此以签订三方协议的方式变相指定分包人并不会导致合同直接无效，但如果法院认为三方协议违反部门规章的同时损害了社会公共利益，则有可能会被定为无效。但无论该三方协议是否有效，都违反了住房和城乡建设部的禁止性规定，相关行政主管部门可能会予以监管查处。

具体参考以下规定：

《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》第七条 “建设单位不得直接指定分包工程承包人。任何单位和个人不得对依法实施的分包活动进行干预。 ”

《建设工程质量管理条例》第五十五条 “违反本条例规定，建设单位将建设工程肢解发包的，责令改正，处工程合同价款0.5%以上1%以下的罚款。”

《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释 法释(2004)14号》第十二条“发包人具有下列情形之一，造成建设工程质量缺陷，应当承担过错责任：直接指定分包人分包专业工程。承包人有过错的，也应当承担相应的过错责任。”

《关于进一步加强建筑市场监管工作的意见 建市〔2011〕86号》第七条 第（二十四）款 “严肃查处建设单位违法违规行为。要依法查处建设单位肢解发包工程，指定分包单位或材料设备生产厂、供应商，强迫承包单位签订 “阴阳合同”等违法违规行为。建设单位发生上述行为的，各地应将其作为不良行为在建筑市场诚信信息平台上进行公布。

由此可见，以签订三方协议的方式变相指定分包人并不会导致合同直接无效，但指定发包的，行政主管部门会责令其改正，同时将其作为不良行为在建筑市场诚信信息平台上进行公布。