专业工程分包和劳务作业分包虽然从形式上区分比较容易，但实践中要准确区分两种施工分包难度比较大，主要是因为专业工程分包与劳务作业分包之间通常没有明确的界限，劳务作业与工程施工往往相互隐含，因而从施工方式上很难将两种分包截然划分。此外，实践中，有些施工总承包企业或者专业工程承包企业为逃避法律规定，故意混淆使用两种分包合同，名为劳务作业分包，实为工程分包或者转包的情形非常普遍，致使两种分包合同的界限模糊不清。

根据原建设部《房屋建筑和市政基础设施工程施工分包管理办法》的规定，专业工程分包和劳务作业分包之间的主要区别在于：

1.两种分包合同的主体资格不同。劳务作业分包合同的主体是施工总承包人或者专业承包人与劳务作业承包人，也就是说，劳务作业发包人既可以是施工总承包企业，也可以是专业承包企业，而专业工程分包合同的主体是施工总承包人与专业分包工程承包人。

2.两种分包合同的标的不同。专业工程分包合同的标的是建设工程中除主体工程之外的专业工程，是建设工程中的分部分项工程，这些工程是建设工程的组成部分，因此，专业工程分包合同是建设工程总承包合同的一部分，而劳务作业分包合同的标的仅是工程施工中的劳务作业部分，并非建设工程本身。

3.两种分包合同承包人的资质要求不同。劳务作业承包人必须具有相应的劳务作业企业的资质，且不同的资质等级所承接的劳务作业的范围不同;专业工程分包的承包人必须具有专业承包企业的资质，每种专业工程具有不同的资质要求。

4.两种分包合同效力的限制条件不同。合同法、建筑法对专业工程分包的限制条件比较多。专业分包工程除施工总承包合同中有约定的外，必须经建设单位认可，并符合法律规定的其他分包条件，工程分包合同才是合法有效的。而我国现行法律对劳务作业分包的限制性规定比较少，即法律对劳务分包合同并无明确的禁止性规定，只要劳务作业承包人具有相应的劳务作业资质，其与施工总承包人或者专业承包人之间订立的分包合同，即是合法有效的。

5.两种分包合同承包人获取的对价不同。劳务作业分包合同中，劳务作业承包人计取的是工程价款中的人工费用以及相应的管理费用，而专业分包工程承包人计取的是工程价款，是建设工程总价款的一部分。