针对融资租赁租车客户各项款项交清后，拒不配合公司办理车辆过户手续的问题，给融资出租方带来巨大的经营风险，经研究，目前总结的措施如下：

1、办理车辆注销登记

目前法律规定可以办理注销登记的情形：
　　已注册登记的机动车达到国家规定的强制报废标准、灭失或者机动车因故不在我国境内使用、因质量问题退车的，机动车所有人应当申请注销登记。

2、起诉客户要求解除合同、强制过户。

目前能够有效采取的措施就是通过诉讼要求客户强制过户，最好是通过起诉到法院，等法院判决下来后申请强制执行过户，法院的判决书也可以作为将来如果出现纠纷进行抗辩的一个法律依据和证据。

3、在租车合同中约定，如果出现客户款清以后无正当理由拒不配合办理车辆过户手续的情形，可以作为出租人主张解除合同的一个条件，将来如果未过户车辆发生一切问题或损失均由客户自行承担。

这样如果将来发生纠纷或损失后，也可以作为出租方一个抗辩的依据和理由。

综上所述，本人认为现在最可行的办法就是通过起诉要求解除合同、强制客户配合办理过户手续。