公司股东在转让股权时，通常会产生相应的纳税义务。通常的股权转让协议往往忽略税务方面的问题，可能遗留很多税务风险，在交割、并购或税务核算阶段给股权出让方造成较大的意外支出（股权转让的所得税率是转让所得的20%），也给股权交割执行造成较多障碍。
       这里介绍股权转让中两类常见的税务风险和应对方法：

一、自然人股东原价（即按注册资本或实缴资本）或低价转让股权，并不一定能避免出让方的个人所得税。

       根据《国家税务总局关于发布〈股权转让所得个人所得税管理办法（试行）〉的公告》（国家税务总局公告2014年第67号）的规定，申报的股权转让收入明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可以核定股权转让收入。
       实践中，部分股东为了避税，或者出于对纳税义务的不了解，在股权转让时，以“一元转让”、“按注册资本转让”的方式转让股权，由于部分地区的工商变更登记中并不核查转让方是否履行个人所得税纳税义务，转让双方遂得以随意办理完毕相关登记。
       但目前而言，对股权转让个人所得税的稽查征收有日益严格的趋势，无论是已经转让的股权还是拟将转让的股权，将不纳税的希望寄托在税务机关没有对自己进行稽查，是风险较大的行为。日后一旦受到稽查，被要求立即额外补缴巨额税款时，对现金流和资产情况可能造成较大的影响。
       根据相关规定，股权转让收入低于股权对应的净资产份额或净资产公允价值份额，或者低于申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的，都可能被认定以不正当低价转让避税。不过，一般而言，比起低于注册资本或净资产转让股权，按注册资本或净资产转让股权时，被税务机关关注和稽查的可能性更小。




二、企业股东转让股权前未分配股权对应相关利润的，该部分利润会被计税征收。


       如果转让股权的出让方也是一家企业，被转让股权的企业经营多年，有较多的未分配利润或者盈余公积，根据规定，该部分未分配利润和盈余公积将被计入应税收入。而如果提前将该部分利润对该企业股东进行分配，作为股息红利收入时，反而不需要缴纳企业所得税。
       因此，在企业股东进行股权转让时，可以先将留存收益进行分配(居民企业股东分配的股息、红利等投资收益免税)，降低净资产，再转让股权，从而降低股权转让的价格和转让所得，以此减少企业的所得税。

三、股权交易中的税费承担主体约定通常无效

　　股权转让中，如果出让方是自然人，自然人股权转让需要单独计算纳税，合同中通常会明确涉及的税务成本由谁承担的问题。
　　在实务中，股权转让合同通常喜欢写“一切税费由**方承担”。其实，股权转让只涉及所得税和印花税。通常合同只需要明确所得税由哪一方承担即可，根据税法的规定，股权转让应该是出让方取得收益承担纳税义务。这一纳税义务由税法规定，不能由民事合同自行约定，交易双方自行约定纳税义务的条款不会产生效力。
　　对出让方而言，比较有利的方式是约定股权转让价格为含税价格，可以不必按整体转让价格核算应纳税额，以此适当减少税负。

相关法律法规规章：

一、《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》
    第十二条 符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低:
（一）申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的；
（二）申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；
（三）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的；
（四）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的；
（五）不具合理性的无偿让渡股权或股份；
（六）主管税务机关认定的其他情形。
    第十三条 符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：
（一）能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；
（二）继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；
（三）相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让；
（四）股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。

二、《企业所得税法》
    第二十六条　企业的下列收入为免税收入：
（二）符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益；

三、《企业所得税法实施条例》
    第八十三条　企业所得税法第二十六条第（二）项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。企业所得税法第二十六条第（二）项和第（三）项所称股息、红利等权益性投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。

四、《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》国税函[2010]79号
   三、关于股权转让所得确认和计算问题?企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。?