这个问题在司法实践中是一个有争议的问题，有两种不同的主张：
第一种主张是，发包方不能参照合同约定，主张逾期竣工的损失。理由：
《合同法》第五十八条是处理无效合同的基本原则，第五十八规定：“ 合同无效或者被撤销后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任”。依据上述无效合同的处理原则，施工合同无效，工程质量合格，建筑产品无法返还给承包方，只能对承包方折价赔偿。折价的部分，只能是已经物化到建筑产品之中的部分，比如建筑材料和劳动力。合同中约定的逾期竣工的损失，没有物化到建筑产品之中，不属于折价补偿的范围。应当按照《合同法》第58条规定的，“有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任”处理。而这里的“过错”，并非指造成逾期竣工的过错，而是指造成合同无效的过错。比如合同中约定了：因承包方的原因逾期竣工的，每逾期一天，承包方赔偿发包方损失壹万元。如果合同有效，逾期竣工十天，承包方就要按照己方造成逾期竣工的过错，赔偿发包方十万元的损失费。但是，如果合同无效，假设合同无效的原因是工程项目属于必须招投标的项目，而发包方没有招投标。在此前提下，又由于承包方的原因造成了工程逾期竣工十天。此时的赔偿就和有效合同完全不同。首先要分析造成合同无效的过程，显然，发包方没有招标，承包方不可能投标，发包方应当承担造成合同无效百分之八十的过错责任，当然，承包方明知工程项目应当招投标，没有招投标就签订施工合同，也应当负有次要责任，应当对合同无效承担百分之二十的过错责任。这样承包方应当给付发包方全部损失的百分之二十，两万元即可。
持第一种观点的认为，施工合同中的损失，只能按照合同法关于无效合同的处理原则处理，如果无限扩大可以“参照”的范围，则会使无效合同与有效合同的处理没有区别，必然造成不良社会导向。

第二种主张认为，发包方可以参照合同约定主张逾期竣工的损失费
理由：
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二条规定：“建设工程施工合同无效，但建设工程经竣工验收合格，承包人请求参照合同约定支付工程价款的，应予支持”。
这里的工程价款应当说是承发包双方的真实的意思表示，这里的工程价款包括了按照合同约定的工程量、工程质量和工期完成施工以后，发包方应当支付的对价。既然法院参照合同约定，支持了承包方的工程款，显然，法院也应当参照合同约定支持发包方主张逾期竣工的违约金。否则，就会形成诉讼主体的权利不平等，案件处理结果不公平。
《广东省高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题的意见》，中规定，“建设工程施工合同无效，但按照《解释》第二条的规定可参照合同约定计算工程价款的，如承包人存在延期完工或者发包人存在延期支付工程款的情形，当事人应参照合同约定赔偿对方因此造成的损失”。
律师赞成第二种主张，即建设工程施工合同无效，工程质量合格，承包方请求参照合同约定支付工程款的，发包方可以参照合同约定主张工程逾期竣工的损失。
特别提醒：施工合同中往往约定逾期竣工的违约金，而不是逾期竣工的损失，诉讼的时候必须将合同中约定的逾期竣工违约金改为，参照合同约定的逾期竣工的损失。因为，合同无效的情况下，法院不会支持违约金。