独立性要求注册会计师在执行审计业务出具审计报告时，应在实质上和形式上独立于委托人和其他机构。实质上的独立要求注册会计师和委托单位之间必须实实在在地毫无利害关系，形式上的独立是指注册会计师必须在第三者面前呈现出独立于委托单位的身份。 注册会计师容易做到形式上的独立，而要保持实质上的独立性就困难多了。其一，是因为会计师事务所执行审计业务要向委托人收取审计费。委托人愿意支付更少的费用获取一份满意的审计报告，会计师事务所则愿意收取更多的费用出具一份无风险的审计报告。事务所既要坚持执业规范和职业道德，又必须关注自己的生存与发展，而收费水平和业务量决定了事务所的未来前景，事务所必然要在获取经济利益和坚持执业规范和职业道德之间徘徊。其二我国对审计监督权威性的规定是影响注册会计师实质独立性的另一原因。目前的行业内统一认识是只要是会计师事务所出具的审计报告，都具有权威性，都是有效的。这促使委托人去和事务所协商审计报告的最终结论，希望事务所按照其意愿出报告，促使委托人去挑选出价最低的事务所，独立审计渐渐背离了其独立性宗旨。审计市场成为围绕委托人的买方市场，大至安达信会计公司也不得不向市场屈服。 在影响注册会计师实质独立性的两个因素中，收费问题是核心问题，一方面会计师事务所要按协会制定的收费标准直接向委托人收取审计费，另一方面注册会计师又要铁面无私地如实披露委托人的各种财务问题，这要求注册会计师具有两面的人格，一个具有两面人格的人是不会讨人喜欢并赢得尊重的，也是难以快乐地生活。改革会计师事务所收费制度比加强注册会计师职业道德教育和执业规范的教育以及加强行业监管有效得多。如果被审计单位在进行年度会计报表审计时不直接向事务所交费，改为向注册会计师协会缴纳规定的审计费，由协会以招标形式确定负责审计的会计师事务所，就能够避免又想多收费又要保持客观公正的尴尬处境。权威性是注册会计师审计的本质特征之一，但将所有会计师事务所出具的审计报告一律赋予权威性是错误的，这是行业内劣币驱逐良币的根源。审计报告有两个层次的差别，其一是否依“独立审计准则”出具，另一层次是审计报告的质量水平如何？审计业务的质量主要由注册会计师业务能力体现出来，包括审计的详细和深入程度，审计方法的先进性，审计工作底稿的完善程度，审计证据的确凿充分等归结而成的审计报告的客观公正性。同样合乎审计准则的报告也会有质量上的差别。审计报告的权威性被滥用在一定程度上促成了业内的恶性竞争，权威性是相对的，都有权威则使权威性失去了其本来意义。改革收费制度使事务所更关注自己的执业质量，而不是将主要精力放在扩充业务上。协会可以使用多种指标选择事务所，但这些指标的追求必须有助于事务所提高执业质量。