被告为无民事行为能力人的离婚案件，在司法程序上应当遵循以下步骤：

1、宣告程序是前提。在离婚诉讼程序中或离婚诉讼程序前，必须通过一个民事诉讼法所规定的特别程序，确定无民事行为能力人的行为能力。并且无民事行为能力人如何认定问题，应当符合法律的规定，应当有符合规定的鉴定部门作出行为能力鉴定。

2、被告作为无民事行为能力人，其参与到诉讼中就存在一个法定代理人资格的变更问题。依据《民法通则》规定的第一顺序监护人配偶在诉讼中是原、被告的对立方，显然不能作为法定代理人参与诉讼，只能在其他有监护资格的人中确定原告、被告的法定代理人。并且根据最高人民法院《关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉若干问题的意见》第157条：“无民事行为能力人的离婚诉讼，当事人的法定代理人应当到庭;法定代理人不能到庭的，人民法院应当在查清事实的基础上，依法作出判决。”由此可见，对于无民事行为能力人的离婚诉讼，法律是允许法定代理人代为进行的。

3、实体方面。实体方面的问题主要是人民法院如何判断双方是否应当离婚。现实中，关于植物人离婚的案例很多，法院基于不同的理由做出了不同的裁判，有的准许离婚，有的不准许离婚。在处理无民事行为能力人离婚问题上，首先应当考虑的是无民事行为能力人的基本生存问题。如果民事行为能力人在离婚后没有其他近亲属进行照顾、看护，其生存权利得不到有效保障，此种情况不宜准许离婚。如果其权益得到有效保障，可以准许离婚。