案例 

甲公司于2003年注册成立，注册资本为50万元。2008年4月2日，经甲公司其他3位股东同意，张老板与李老板签订股权转让协议，以协议（合同）价格350万元把自己拥有的甲公司25%股权转让给李老板。2008年5月18日，李老板支付给张老板348万元现金后，两人到工商管理部门办理了股东变更手续，而甲公司注册资本额仍为原注册登记时的50万元。2009年10月9日，张老板被公司所在地的地方税务机关要求缴纳股权转让所得个人所得税67.465万元[（350－50×25%－0.175）×20%]（0.175万元为印花税，滞纳金的计算略）。 

但张老板对此不认同，他认为，从计税收入看，虽然合同约定股权转让价格为350万元，但他实际收到的只有348万元，另外2万元处于欠账状态。同时，所得额计算过程中，扣除额选择的是50×25%＝12.5（万元），即2003年张老板实际交出的投资额。虽然工商执照登记的注册资本额仍然是50万元，但从甲公司2003年成立以来的几年中（到股权转让的前一年度），公司发展需要资金时，张老板和其他几个股东陆续为公司补充资金1150万元，公司没有到工商管理部门办理注册资本额变更登记，但公司资产负债表中的总资产已达2100万元，“实收资本”项目是1200万元，其中1150万元虽没有在工商部门增加注册资本，但确实构成了对公司的资产投入。2007年7月7日，包括张老板在内的4个股东还召开了一次会议，签订了一份增资1150万元的股东决议。否则，张老板25%的股权不可能卖出350万元的价格。因此，张老板认为该笔股权转让所得税款应是：[348－（50＋1150）×25%－0.175]×20%＝9.565（万元）。 

税法规定 

《个人所得税法》第六条第五款规定，财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。 

《个人所得税法实施条例》第十九条列举了有价证券、建筑物等《个人所得税法》第六条第五款前四项财产原值的具体确认标准，唯独没有说明股权转让所得额计算中的原值如何确认，但在这四项之后，有“（五）其他财产，参照以上方法确定”，紧接其后的内容是“ 纳税义务人未提供完整、准确的财产原值凭证，不能正确计算财产原值的，由主管税务机关核定其财产原值”的兜底条款。 

关于计税收入，《个人所得税法实施条例》第十条规定，个人取得的应纳税所得，包括现金、实物和有价证券。第二十二条只是笼统说明，财产转让所得，按照一次转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，计算纳税。 

国家税务总局《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号）第四条对股权交易（转让）所得的计算规定是，税务机关应加强对股权转让所得计税依据的评估和审核。国家税务总局《关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》（国家税务总局2010年第27号）约束的重点也是计税依据。制定这些条款的目的是调整不符合独立交易原则的股权转让行为。对于符合独立交易原则条件下，股权转让的收入结算方法、“注册资本”“实收资本”“投入资本”等与扣除原值的关系等，并没有任何解释。 

仅从表面上看，税法对于个人股东转让股权的计税收入和扣除原值都没有更加明确的说明，才造成了张老板和税务机关在计算所得税额时产生了认识上的差异。究其实质，个人股权交易本身的复杂性和特殊性，决定了这类交易要受多类法律制度共同约束。 

分析 

个人股东转让股权收入只要符合独立交易原则下的定价协议、并已到工商管理部门办妥股东的变更（新股东）手续，在张老板没有提出其他相关证据的情况下，就应该按协议（合同）价格确认股权转让者的收入。所以，该笔股权转让收入应确认为350万元。 

对于可以扣除股权原值的确认，虽然甲公司提供的会计报表内“实收资本”为1200万元，但没能提供一系列具有法律效力的、股东实际已投资到甲公司的证据资料和账簿记录，无法证明工商执照上50万元之外的另外1150万元所谓“实收资本”的真实性。同时，虽然所提供报表“实收资本”为1200万元，而2008年5月18日变更股东时，甲公司的注册资本仍为50万元，变更股东协议中所记载的甲公司注册资本也是50万元，这严重违反了《公司注册资本登记管理规定》第三条、第六条、第七条等对“实收资本”的规定，也违背了《小企业会计制度》“实收资本”科目的会计核算要求。上述诸多违反相关法律法规的因素，导致了税务机关在计算张老板转让甲公司股权的所得额时，扣除额原值只得选用具有法律效力的注册资本额50万元为基础，而不可能采用张老板提出的缺乏真实性、合法性的1200万元为基础。尽管张老板感到冤屈，但《个人所得税法》及其实施条例、《公司法》、《公司登记管理条例》、《公司注册资本登记管理规定》、《小企业会计制度》都为67.465万元税款的计算提供了依据。由此可见，企业一定要依法经营、依法管理并重视会计核算工作，才能尽可能规避税收风险。