两者在客观上都侵犯了公共财物的所有权；两者在客观上均是利用职务之便；主观上两者都是出于直接故意。但是，作为两种不同犯罪形式，两者又有如下区别：
　　（1）对犯罪客体侵犯程度与犯罪对象的范围不同。前者只侵犯公共财物所有权中的占有、使用、收益三种权能，而后者侵犯了包括出有、使用、收益、处分权能的公共财产所有权的四种权能；就犯罪对象而言，前者为公款和特定公物，后者为公共财产。
　　（2）犯罪的行为方式不同，前者是使用公款，后者是占有财物。
　　（3）犯罪的目的不同。前者只是暂时使用，后者为永久占有。
　　（4）犯罪的危害程度不同。挪用公款的数额并不等于对所有者造成的实际损失额，公款的本息要全部归还或追缴；而贪污数额就是对所有者的财产造成的实际损失数额。
　　（5）构成犯罪的时限要求不同。前者挪用公款数额较大归个人进行非营利性的合法使用的，必须非法控制公款超过三个月未还才构成犯罪；而贪污罪只要非法占有了公物即构成犯罪。
　　（6）在特定情况下的法律后果不同。如挪用公款未超过一万元归个人进行非营利性的合法使用时，超过三个月后在案发前全部归还本息的，可不认为犯罪；而贪污行为一经实施，即使在案发前全部退赃也不影响其犯罪的构成。
　　（7）量刑程度不同。后者要比前者处罚重。
　　3、区分挪用资金罪与挪用公款罪的界限
　　挪用资金罪与挪用公款罪在客观行为表现和主观方面有相同之处。但两者的区别在于：
　　（1）犯罪主体不同。前者是公司、企业或其他单位的工作人员；后者是依法从事公务的国家工作人员。对于国有公司、企业或其他单位的工作人员，或者国有单位委派到非国有单位依法从事公务的人员，利用职务上的便利，挪用本单位资金或者借贷给他人的行为，应按挪用公款罪论处。
　　（2）犯罪客体不同。前者侵犯的客体，是公司、企业或其他单位的财务管理制度及财产所有权；后者侵犯的客体，是国家机关、企事业单位和人民团体以及接受委派的国家工作人员所在的非国有单位的财务管理制度和资金所有权。可见，前者所侵害客体的范围，比后者广。
　　（3）犯罪的对象不同。前者的犯罪对象，是公司、企业所有公共财产属性的公款。它既包括资金、有价证券，也包括特定款物，后者既包括当然的公共财产，也包括拟定的公共财产以及接受委派的国家工作人员所在的非国有单位的资金。
　　（4）刑罚不同。前者比后者刑罚轻。