公司有合理根据认为股东查阅会计账簿有不正当目的，可能损害公司合法利益的，可以拒绝提供查阅，但公司对此负有举证义务。

公司需要证明股东查阅会计账簿有不正当目的时，往往会面临举证困难，从而难以对公司的商业秘密保护周全。因此，公司可以考虑在章程或其附属文件中规定，股东行使会计账簿查阅权的须承担保密义务，并明确违反该保密义务的股东将被取消其行使相关查阅权利的资格，以最大限度的保障公司的合法权益。