《侵权责任法》出台后，原来的医疗事故鉴定改称为医疗损害鉴定，仍由各级医学会组织。对于医疗损害的鉴定和法医机构对人体伤情、死亡原因的鉴定都是运用现代医学的理论和研究成果识别涉医案件，为司法机关提供证据的一种活动，无论是医学会的医疗损害鉴定还是法医机构的司法鉴定对于法院判决案件起着重要作用。但二者在目的、作用、意义方面又是不同的。二者的区别主要在于：
　　(1)鉴定机构不同：医学会是由卫生行政部门批准成立的学术团体、由医学临床各专业的专家组成，职责是负责医疗损害的技术鉴定。司法鉴定是经省司法厅批准成立的鉴定机构，(重新鉴定机构由省政府批准)，由具备资质的法医、临床等方面的专家组成，负责对人体伤情、伤害程度以及亲缘关系、生理机能、死亡原因等鉴定。
　　(2)鉴定的内容不同：医学会鉴定内容主要是确定在医患关系中医疗机构及医务人员是否具有过错和违反诊疗常规，即围绕是否构成医疗损害进行鉴定。司法鉴定的内容主要是被鉴定人是否构成轻伤、重伤、伤残程度亲缘关系、生理机能状态以及死亡原因等。
　　(3)鉴定人员专业结构不同：医学会组成主要是临床医学专业人员，涉及到临床内、儿、外、妇产、口腔、耳鼻喉、中医、传染病、检验、病理等各专业人员，只有涉及到伤残、死因时才有法医参加。司法鉴定机构虽然也依托于医疗机构或者依靠医疗机构的检查资料，但主线专家是法医。只有涉及到活体检查和生理机能鉴定时才有医学临床专业人员参加。
　　(4)专家组织形式不同：医学会进行医疗损害鉴定，参予专家是按照随机方法由医、患双方提出回避的范围和理由后，在未被回避的专家中抽取，专家人数必须是单数。而司法鉴定中参予专家除坚持回避制度外，人员一般是按专业相对固定的。专家人数应当在三人以上，不采取随机抽取方法产生。
　　(5)对鉴定结论的补救程序不同：对医疗损害鉴定结论不服的，在接到鉴定书之日起15日内可以向委托机构提出再次鉴定申请，由委托机构送省级医学会进行再次鉴定，再次鉴定为最终鉴定。只有个别的即在全国有重大影响的案件，省级再次鉴定后可以提交由中华医学会进行再次鉴定。对法医鉴定结论不服的，可以向司法机关提出重新鉴定申请一般没有期限限制，由省政府确定的重新鉴定机构重新鉴定。对于重大疑难的案件，可以再提交本省专家鉴定委员会复核鉴定。

　　现在上海市法院在医疗损害鉴定中也比较灵活，各家法院也都不一样，有的法院允许二次鉴定，有的法院则不允许。总的来说，医疗损害鉴定由于是由卫生系统人员组织的，患方大多对其结论持怀疑态度，也是通常大家所认为的是“老子给儿子鉴定”。对这两种鉴定，个人认为，医疗损害鉴定专业性强一些，公正性差一些，而司法鉴定则公正性强一些，而专业性差一些。当然，上海对医疗案件目前还不允许做司法鉴定，这是一大遗憾。