特殊工时制度可以约定，但是最终有效需要劳动行政部门的批复。
（一）《劳动合同法》第十七条规定，劳动合同应当具备以下条款：
1、用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人;
2、劳动者的姓名、住址和居民身份证或者其他有效身份证件号;
3、劳动合同期限;
4、工作内容和工作地点;
5、工作时间和休息休假;
6、劳动报酬;
7、社会保险;
8、劳动保护、劳动条件和职业危害防护;
9、法律、法规规定应当纳入劳动合同的其他事项。
劳动合同除前款规定的必备条款外，用人单位与劳动者可以约定试用期、培训、保守秘密、补充保险和福利待遇等其他事项。而劳动时间怎样安排，就涉及单位实施的是何种工时制度。
（二）实施不定时或综合计算等特殊工时，是需要经过劳动部门行政审批的，然实践中，不少用人单位未申请过综合计算工时或不定时工时，就擅自实施起来，理由是合同当中有约定。有的虽有批复但已经过期。还有些用人单位虽在与劳动者签订的劳动合同中约定实行标准工时，但在签订劳动合同后获得了劳动行政部门的许可，同意其在相关岗位实行不定时工时或综合计算工时制，而用人单位与劳动者并未对劳动合同中约定的工时制度进行变更。这些做法确实引发了一些矛盾，那特殊工时制的约定与劳动行政部门批复之间的关系如何，在执行时以约定为准还是以批复为准呢?
（三）若要对劳动者所在岗位施行特殊工时制，需要同时满足两大要件：第一，得到劳动行政部门的批复;第二，劳资双方约定明确。也就是说，如果仅有劳资双方在劳动合同中约定实行特殊工时制，但未获得劳动行政部门的行政审批，是不能对劳动者实行不定时工时制的。如果劳动者所在岗位得到劳动行政部门关于不定时工时制的批准。如果单位确有审批手续，但在劳动合同中约定实行标准工时，我认为还是应按标准工时执行。
（一）缩短工时制
即劳动者每日工作时间少于八小时、平均每周工作时间少于四十小时的工时制度。在特殊条件下从事劳动和有特殊情况，需要在每周工作40小时的基础上再适当缩短工作时间的，应在保证完成生产和工作任务的前提下，由企业根据实际情况自行决定。
（二）综合计算工时工作制
综合计算工时工作制是指单位以标准工作时间为基础，以一定的期限为周期，综合计算工作时间的工时制度。企业因生产特点不能实行标准工时制的，可以实行综合计算工时工作制，即分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，即平均日工作时间不超过8小时和平均周工作时间不超过40小时。用人单位在保障职工身体健康并充分听取职工意见的基础上，采用集中工作、集中休息、轮休轮调等适当方式，确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。
（三）不定时工作制
不定时工作制是一种因工作性质和工作职责的限制，劳动者的工作时间不能受固定时数限制，而直接确定职工劳动量的工作制度。经批准实行不定时工作制的职工，不受《劳动法》第四十一条规定的日延长工作时间标准和月延长工作时间标准的限制。企业应当根据标准工时制度合理确定劳动者的劳动定额或其他考核标准，以便安排劳动者休息。其工资由企业按照本单位的工资制度和工资分配办法，根据劳动者的实际工作时间和完成劳动定额情况计发。对于符合带薪年休假条件的劳动者，企业可安排其享受带薪年休假。
（四）计件工作制
计件工作制是指以工人完成一定数量的合格产品或一定的作业量来确定劳动报酬的一种劳动形式。按现行中华人民共和国劳动法的规定，对实行计件工作的劳动者，用人单位应当根据标准工时的规定，合理确定劳动定额和计件报酬标准。
（一）综合工时制度的加班计算：一般情况下，综合计算工时制的加班只会在一定周期的工作时间超过标准的总额是，才会存在，且延长时间的小时数，平均每月不得超过36小时，且只能以150%的比例来计算加班费，在标准总额内的时间，即使在某天或某周来看是超过了标准工作时间但也不以加班来看。同样在法定节假日工作还是视为加班，按法定的标准支付300%的工资。
（二）不定时工作制度的加班计算：不定时工作制不存在加班，但是法定节假日安排加班的必须按照法定的标准支付300%工资的加班费用。
（三）计件工作制度：《劳动法》第三十七条规定：“对实行计件工作的劳动者，用人单位应当根据本法第三十六条的工时制度合理确定其劳动定额和计件报酬标准”。根据该条规定，用人单位实行计件工资制度的，劳动者劳动定额和工资报酬应当根据标准工时制度合理确定，即计件工资是以标准工时制度为计算基础，而不是实行不定时工作制。计件工资制虽然和计时工资有所不同，但他们都是以标准工时制为基准计算工作时间的，每天不超过8小时，每周不超过40小时，如果安排劳动者在超过法定时间外工作的，就应当按照法律规定支付加班工资。根据《上海市企业工资支付办法》，用人单位依法安排实行计件工资制的劳动者在法定标准工作时间以外工作的，应当根据标准工时制关于支付加班工资标准的原则相应调整计件单价。
综上，单位的特殊工时制度有无经过劳动行政审批、是否尚处于审批的期限内，若是则没有问题;反之，则约定无效，仍应按标准工时制执行作息安排。以上就是找法网小编整理的关于特殊工时制度可以约定吗的内容，如果还有什么别的法律需求，可以联系找法网的律师进行更加专业的解答。
