1982年国务院颁布施行的《企业职工奖惩条例》第十一条、第十二条规定了企业的罚款权，这是我国劳动法律关系中对企业职工罚款的直接法律渊源。然而，《企业职工奖惩条例》已经在2008年1月15日废止。也就是说，2008年1月15日以后，用人单位已经不能再根据该条例的规定在规章制度中设立罚款条款了。
可现实中很多用人单位仍然在规章制度中赋予自己对员工罚款的权利，且这种做法还被一些法律理论和实践所接受。首先，法律既要维护劳动者的合法权益，又要考虑保障企业和雇主进行正常、有效的劳动管理和企业管理，维护企业和雇主的合法权益。法律对维护职工合法权益和提高企业管理效益二者都要兼顾；其次，劳动者肆意迟到等行为应属于违反劳动纪律，用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。
1、在合理的薪酬制度下，予以“减发奖金”（注意减发奖金和扣工资是两个不同概念，前者是“本来就不是你的钱”，后者是“从你的钱当中往回拿”），对于考核奖金、绩效奖金、全勤奖金甚至年终奖金等，在合法的算式下，进行减发以体现所谓“经济处罚”。
2、对于因劳动者旷工对企业造成的生产经营损失进行举证，可以要求劳动者赔偿。
3、开展批评教育并书面记录在案，要劳动者签字，旷工累计到一定条件时，企业可以解除劳动关系并不予经济补偿。
三、用人单位无故克扣工资怎么办
公司克扣员工工资，员工可以到劳动管理监察大队举报。也可以直接申请仲裁。如果对仲裁结果不满意可以在拿到仲裁书后15天之内到法院起诉。根据国家规定在仲裁或诉讼的时候，要求除在规定的时间内全额支付劳动者工资报酬外，还需加发相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。
最高人民法院《关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释》第19条规定：“用人单位根据《劳动法》第4条之规定，通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。”
2008年1月1日起实施的《劳动合同法》第４条规定：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
用人单位应当有权在规章制度或企业奖惩制度中，对此类行为进行一定的处罚，以实现双方的权利义务平等。以上就是找法网小编为您整理的员工迟到怎么处理，扣工资合法吗的内容，还有其他疑问，可咨询找法网律师。
