劳动保险纠纷的处理方式分为以下几种：
一、行政处理方式
从对社会保险纠纷的性质分析中可知，对于社会保险参保纠纷、因瑕疵缴纳行为引起的纠纷及保险金发放纠纷这三种纠纷均应采用行政处理方式，而不应作为民事案件予以受理。理由如下：
(一)、社会保险费用由社会劳动保险行政部门或者税务机关履行追缴职责，其对缴费单位的缴费情况、用人情况、工资变动情况、每年的缴费基数等，都有比较及时、充分的了解和娴熟的业务技能与认知能力保障，它们能随时发现缴费单位违法缴纳保险费的情况。
(二)、社会劳动保险费用由社会劳动保险行政部门或者税务机关履行追缴职责强制进行追缴，符合社会保险关系正常化、规范化长期发展的趋势和规律。
二、司法救济方式
司法实践证明，在采取司法救济方式时应根据各种社会保险纠纷的性质酌情考虑是否予以受理，否则救济效果不理想。
首先，判决难以明确、具体。社会保险费的应缴数额是根据劳动者的月工资总额计算的，由于劳动者每月工资总额总是处于变动之中，当人民法院判决用人单位为劳动者补办社会保险时，判决主文难以对每月应补交的社会保险险种及其数额、补交时间逐一明确。而且，社会保险费缴纳数额的核定权属于社会保险经办机构或税务机关。
其次，判决难以执行，有损司法权威。由于社会保险纠纷的特殊性，人民法院判决的执行需要相关行政部门的协助。目前，社会保险经办机构或税务机关与人民法院在可补交的险种、补交的时间等诸多方面存在分歧。导致判决难以执行。同时也不利于及时有效地保护劳动者的合法权益。将社保纠纷作为劳动争议寻求司法救济，必须经过“一裁二审”的漫长过程，即使其诉讼请求最终得到人民法院的支持，结果还是由用人单位向社会保险经办机构或税务机关为其补交社会保险费。若由劳动者直接申请劳动行政部门处理，不仅可以避免“一裁二审”的复杂过程，当劳动者对劳动行政部门的处理不服时，同样可以提起行政诉讼，寻求司法救济，对其合法权利并无损害。
最后，一律使用司法救济方式与国家推行社会保险的政策不协调。由于各地经济发展水平不同，社会保险制度在各地落实情况参差不齐。人民法院以审判的方式解决国家政策造成的历史遗留问题，并不适宜。社会保险纠纷的性质决定了在适用司法救济方式时必须严格限定其适用范围。具体包括两种情形：1、对于社会保险赔偿纠纷应作为劳动争议案件予以受理。2、劳动者对劳动行政部门的处理不服时，可以提起行政诉讼。
三、社会参与和监督的方式
对社会保险纠纷的解决更要完善咨询、听证、投诉、争议处理的舆论监督制度，让更多的社会组织和公民参与到纠纷的解决过程中来，使其进一步明确社会保障体系的基本导向。可以发挥新闻媒体的作用，不断扩大法制宣传教育的深度和广度。结合劳动保障工作重点、法律法规执行中涉及的主要问题，积极向劳动者、用人单位提供劳动保障法律咨询。有条件的地方可以建立劳动保障法规政策咨询网站、咨询热线电话和专门的咨询机构，为用人单位和劳动者提供法律咨询服务，使用人单位懂得如何依法行事，使劳动者知道怎样依法维权，这将从源头上减少社会保险纠纷的产生。
