1、船员的合法权益受到侵害时
首先可以通过船上或公司的内部程序，协商解决问题。
如果问题无法在内部程序得到妥善解决时，船员可以决定向海事法院提起诉讼。对于船员劳务合同，可以直接向海事法院提起诉讼；对于船员劳动合同，则需要先进行劳动仲裁，对仲裁结果不服的，再向法院提起诉讼。
现实中船员遇到欠薪等劳资纠纷，也会选择向海事主管机关寻求帮助。但需要注意的是，我国相关法律法规并未赋予海事部门强制干预此类纠纷的权力，最终还是需要通过仲裁或司法程序来解决纠纷。对于船员服务机构在船员服务过程中存在的违法违规行为，海事部门将按照有关法规要求，对其采取相应的行政处罚。
2、船员应该收集、保留的证据
（1）证明双方诉讼主体身份的证据，如身份证、用人单位营业执照或工商登记咨询单等；
（2）劳动合同、劳务合同、上船协议、聘用合同等，以证明合同关系以及约定的工资、社会保险等内容；
（3）海船船员适任证书，以证明适任资格；
（4）船员服务簿，以证明船员在船任职职务；
（5）工资发放单/银行卡明细/雇佣方出具的应付营运期间船员工资欠款单等证明拖欠工资的证据；
如有人身伤亡事故赔偿纠纷，则还应有：
（1）如双方是劳动合同关系，需提供工伤鉴定书；
（2）如双方是劳务关系，需提供伤残等级司法鉴定意见书；
（3）诊疗证据以证明相应医疗费用。
（4）其他可以证明自身权益受到侵害的证据都应妥善保管以支持船员自己的诉求。
知识链接：
根据《海商法》的规定，船长、船员和在船上工作的其他在编人员根据劳动法律、行政法规或者劳动合同所产生的工资、其他劳动报酬、船员遣返费用和社会保险费用和在船舶营运中发生的人身伤亡的赔偿，这些请求可以具有船舶优先权。
因此，船员工资的优先受偿的权利是受到法律认可并保护的。《海商法》同时规定船舶优先权应当通过法院扣押产生优先权的船舶行使。而根据《中华人民共和国海事诉讼特别程序法》的规定，具有船舶优先权的海事请求，海事法院可以扣押当事船舶。
因此，当船员工资等合法权益受到侵害时，应合理利用法律赋予自己的权利，以及时、充分地保护自身权益。
法律链接：《中华人民共和国船员条例》
第二十一条规定，船舶优先权，是指海事请求人依照本法第二十二条的规定，向船舶所有人、光船承租人、船舶经营人提出海事请求，对产生该海事请求的船舶具有优先受偿的权利。
第二十七条规定，船员用人单位应当依照有关劳动合同的法律、法规和中华人民共和国地接或者加入的有关船员劳动与社会保障国际条约的规定，与船员订立劳动合同。
关于船员劳动/劳务合同纠纷的管辖权，根据《中华人民共和国海事诉讼特别程序法》的规定，因海船的船员劳务合同纠纷提起的诉讼，可以到原告住所地、合同签订地、船员登船港或者离船港所在地、被告住所地海事法院提起诉讼。
