合同主体变更属于重大事项改变，需要和员工协商，员工不同意续签，按照法律规定解除劳动合同，并支付相应补偿。
经济补偿金计算方法
年限计算标准
按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
工作年限，应从劳动者向该用人单位提供劳动之日起计算。没有及时签订劳动合同的，不影响工作年限的计算，应该从形成事实劳动关系算起。续签过几份劳动合同的，工作年限应从第一份劳动合同的起始时间开始算起，即自劳动者提供劳动之日起连续计算。此外，根据规定，对于因分立、合并、合资人、单位改变性质、法人改变名称等原因而改变工作单位的，其改制前的工作时间可以计算为“在本单位的工作时间”。
用人单位在与劳动者重新协商一致，基于平等自愿的原则下，可以重新签订更改后的劳动合同。
用人单位主体变更的劳动合同仍然有效，在企业发生合并、分立等情况时，原企业与职工签订的劳动合同不解除，由新企业替代原企业继续履行劳动合同。《劳动合同法》第三十四条规定：“用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。”《公司法》第一百七十五条规定：“公司合并时，合并各方的债权、债务，应当由合并后存续的公司或者新设的公司承继。”
根据《劳动合同法》第四十条第三款的规定，劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的，用人单位在提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同。
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