1.保密合同具有从属性，保密合同与劳动合同是主合同与从合同的关系；劳动合同是主合同，没有劳动合同，不建立劳动关系，也就不可能产生保密义务，当然也就不存在保密合同。保密只是劳动关系的一项内容。
2.保密合同具有独立性，一般来说，从合同的效力是随着主合同效力的变化而变化的，主合同无效，从合同当然无效 ，主合同变更，从合同亦应做相应变更。但是保密合同却不同。劳动合同的无效和变更，并不影响保密合同的效力。这一点对于保密条款也同样适用。
如保密约定采取了保密协议的形式，用人单位可以只与那些可能接触到商业秘密的员工签保密合同。如用人单位把要求员工保守商业秘密的约定写在劳动合同里，成为劳动合同中的一个条款，则用人单位的全体员工都会签署带有这一条款的劳动合同。当然如果用人单位还可能把保密事项写进员工手册或集体合同中，成为一项规章制度或一项具有更高效力的约定。
