医疗保险基金从筹集到支付，从管理运做到使用的过程，实质上是国民收入的分配与再分配过程。它涉及多方经济利益关系的调整与均衡。
医疗保险基金同失业、养老保险基金一样，也是社会保障基金的一种。建立和运行社会保障基金是国民收入再分配的形式之一。国民收入经过初次分配形成国家、集体（企业）和个人的原始收入，这种初次分配会导致社会不同行业、不同阶层和个人之间的收入差距。为了对收入差距进行调节，国家通过预算拨款，集体和个人则通过按一定比例缴纳保险费建立社会保障基金，对低收入者提供收入补偿和帮助，以减少贫富差距，实现对一部分国民收入的再分配。它体现了社会公平的原则。同时，也是医疗保障制度得以确立并能解决基本医疗问题的物质基础。由于社会保障基金先提取、积累，后开支使用，从而客观上也表现为后备基金形态。社会保障基金均以强制性、福利性为其特征，不同于人身保险、特种医疗保险、补充医疗保险等以自愿、营利为特征的商业形态、半商业形态的保险基金。
医疗保险基金还具有一些特殊性。这主要体现在医疗保险所承担的风险程度和风险损失率不易测定。人们对医疗消费的需求会随着生活水平的提高而增加，这给确定医疗保险基金的筹集标准和基金管理带来了一些困难。因此，通常将医疗保险作为一个单独项目，与养老、失业等社会保险分开进行管理，在保险给付上也较多强调个人的责任；但这并不影响医疗保险的社会保障性质。
医疗保险基金的管理是指根据国家关于社会保险体系的方针、政策、制度、法令、法规，按照医疗保险基金运动的客观规律，对医疗保险基金的筹集、支付、使用、运营进行计划、组织、协调、控制、监督等项工作的总称，是整个医疗保险管理的一个重要组织部分。与定点医疗机构的资格审查、医疗服务的管理、对被保险对象的管理等不同的是，它侧重于基金本身的管理，属价值形式的管理。
医疗保险基金的管理包括基金的筹集、给付、使用、核算、审计以及基金的运用增值与监督等。
