1、职工个人缴费。职工个人缴费即社会保险经办机构或税务部门按照职工本人工资收入的一定比例收缴的用于职工基本医疗保险的款项。我国城镇职工基本医疗保险规定个人必须缴纳基本医疗保险费，职工个人缴费率一般从本人工资收入的2%起步，职工个人缴纳的基本医疗保险费由用人单位代为扣缴。退休人员个人不需缴纳基本医疗保险费。之所以这样规定，是因为这样不仅可以扩大基本医疗保险基金的来源，更重要的是明确了职工个人在基本医疗保险中的责任和义务，可以增强职工个人自我保障的意识和费用节约意识。考虑目前我国职工个人收入水平还不高，目前个人缴费率先从个人工资的2%起步，今后随着经济发展，再作适当的调整。
2、用人单位缴费。用人单位缴费即社会保险经办机构或税务部门按照用人单位职工工资总额和规定的缴费率收缴的用于职工基本医疗保险的款项。用人单位缴费率一般控制在职工工资总额的6%左右。
据近几年统计测算，全国职工实际发生医疗费占工资比例约为10%左右，其中财政和企业实际负担医疗费用占工资总额的比例为7%左右，扣除不在基本医疗保险范围的离休人员、大学生等费用和企业工伤、生育医疗费用，财政和企业实际负担医疗费用占工资的比例约为6%左右。因此，从全国水平看，以6%左右作为全国用人单位缴费率的控制标准，是符合目前阶段我国生产力发展水平的，财政和企业能够承受。但由于我国存在较大的医疗消费差异，还不能将6%作为全国用人单位缴费率的绝对控制标准，具体到各统筹地区，用人单位缴费率还要切实根据当地财政和企业的实际承受能力合理确定。
缴费率确定合理与否有两条具体的标准；一是确定了这个缴费率后，绝大多数用人单位都缴得起，这是实现广覆盖的基本条件；二是确定的缴费率是否控制在6%左右，以保持全国基本医疗保险筹资水平的大致相当。
