目前我国事业单位社会保险制度很混乱，有一些是上世纪就开始部分缴费的，参照了企业标准，也有各种试点的，更多的是和公务员一致的。不同的社会保险也不尽相同，比如供职的大学为我缴了失业保险，但没有缴养老和医疗保险，有的地方或者单独缴了养老保险，或者是医疗保险，没有统一的模式。
多年来，养老保险制度改革一直坚持的事业单位先试点、公务员暂时不动的思路，已经被实践证实无法走通，只要公务员独立于养老保险制度改革之外，双轨制就依然存在，改革很难单兵突进。
不少学者认为，机关养老保险制度与事业单位养老保险制度的改革必须一起进行，单独进行改革是行不通的。“只有事业单位的改革，就很容易遭遇不愿改的情况。”
有学者指出，这项改革成败的关键是成本由谁负担。养老金并轨后涉及的首先是筹资机制问题，按照财政拨款类型的不同，全额拨款、差额财政补贴、自收自支事业单位的欠费是由财政兜底还是个人补缴，老中青三代人群应该如何区分对待，个人缴费是否应该以涨工资为前提，都需要以全面的调研和测算为基础。
“老人老办法”、“新人新办法”相对来说不会涉及很复杂的制度设计，而“中人中办法”则会产生欠缴费如何补、补多少的问题。
中国劳动学会薪酬专业委员会主任认为，全额拨款或者差额拨款的事业单位，主要看财政能不能兜底，这些人已经欠缴费很多年了，退休后要动用现收现付养老保险基金的部分钱，可能会使某些地方的社保基金形成缺口。
而且，承担义务教育、基础性科研、公共文化、公共卫生及基层基本医疗服务的公益一类事业单位，其职工按照制度安排的工资水平不高，让他们拿出一部分工资来缴养老保险，的确很难落实。
对于已经脱离了财政供养模式的自收自支事业单位来说，并轨之后要拿出一部分钱缴养老保险是短期内最现实的问题。
2011年出台的《分类推进事业单位改革指导意见》提出的时间表是全国的事业单位行政、公益、经营分类最迟2015年才能全部完成，在此之前，详细的养老保险并轨方案可能很难问世。
基于上述原则，具体的配套应当是：机关事业单位将建立普遍化的职业年金，利用职业年金账户里的真金白银去资本市场投资，实现社保总体改革方针“可持续”这3个字，因为企业职工个人账户的空账问题是完全不可持续的。与此同时，可以利用丰厚的职业年金来确保养老金待遇不至于降低太多，实现平稳过渡。
机关事业单位养老保险制度改革的基本思路是：机关事业单位与企业实行统一的基本养老保险制度，从制度和机制上化解“双轨制”矛盾。为此，要协调推进相关改革措施：一是机关与事业单位养老保险制度同步改革；二是广泛建立职业年金；三是养老保险制度改革与工资制度改革相配套，并同步实施；四是对养老金计发办法与调整机制进行改革；五是这项改革可在全国范围同步实施。
