劳动保障行政部门受理工资纠纷案件后，应当自立案之日起60个工作日内完成;对情况复杂的，经批准可延长30天。
《劳动保障监察条例》
第十七条 劳动保障行政部门对违反劳动保障法律、法规或者规章的行为的调查，应当自立案之日起60个工作日内完成;对情况复杂的，经劳动保障行政部门负责人批准，可以延长30个工作日。
第十八条 劳动保障行政部门对违反劳动保障法律、法规或者规章的行为，根据调查、检查的结果，作出以下处理：
(一)对依法应当受到行政处罚的，依法作出行政处罚决定;
(二)对应当改正未改正的，依法责令改正或者作出相应的行政处理决定;
(三)对情节轻微且已改正的，撤销立案。
发现违法案件不属于劳动保障监察事项的，应当及时移送有关部门处理;涉嫌犯罪的，应当依法移送司法机关。
在很多的劳动工资的纠纷中，对于单位是否已经支付工资由谁来承担举证责任双方常常会争执不下。但是，根据我国的有关司法解释，是否已经支付工资的举证责任应该由用人单位来承担。
我国《工资支付暂行规定》规定：用人单位可委托银行代发工资。用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。这就是说，用人单位应当保留向劳动者支付工资的资料至少要达到两年。而《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》规定：有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。所以，对是否支付(加班)工资的劳动争议应该由用人单位承担举证责任。
先协商，后调解，然后才是申请仲裁。劳动者领取工资后，对于工资数额有争议的，还是可以申请劳动仲裁的。
如果已签订了离职协议，载明双方已无劳动争议后，即使申请劳动仲裁也无胜算。
《劳动争议调解仲裁法》第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
(一)因确认劳动关系发生的争议；
(二)因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
(三)因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
(四)因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
(五)因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
(六)法律、法规规定的其他劳动争议。
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