由于对于企业职工工伤药费及赔偿款是否可以税前扣除未作出明确，各地税务机关在实践中处理也有不同。实践操作中，也引发了不少争议。
“由于企业生产机器运行过程中发生意外，造成两名职工受伤。最近，两名职工痊愈出院。请问受伤职工的医药费及赔偿款如何进行税务处理?”
根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例实施细则》及《企业所得税税前扣除办法》规定，企业与生产经营相关的支出可以税前扣除，并规定企业为职工缴纳的工伤保险费、企业按照经济合同规定支付的违约金(包括银行罚息)、罚款和诉讼费可以税前扣除。另外，2004年1月1日起施行的《工伤保险条例》中对于工伤的认定、工伤保险的待遇等给出了详细的说明，各地政府对工伤保险的赔偿标准也有明确。但以上规定及相关所得税法规对于企业职工工伤药费及赔偿款是否可以税前扣除未作出明确，各地税务机关在实践中处理也有不同。如，大连市地税局《关于印发〈企业所得税若干问题的规定〉的通知》第四条规定，企业根据《大连市城镇企业职工工伤保险规定》的规定，向因工伤、残、死亡的职工及家属支付的工资、各种补贴和补助等福利待遇，允许税前扣除。
有些地方的税务部门却认为，纳税人按国家规定，为特殊工种职工支付的法定人身意外安全保险可以税前扣除，但工伤赔偿款不允许税前扣除。
鉴于以上规定，提醒纳税人：1.在工伤事故发生后，应尽量及时取得相关的事故鉴定证明以证明事故的真实性，认定工伤的关键在于是否因为工作原因受到伤害。2.按照当地政府的相关文件制定赔偿办法，并与职工签订相关赔偿协议。3.赔偿金额不得超过当地政府规定的赔偿标准。4.若企业已参加保险，赔付金额应扣除经有关部门确认的工伤赔偿，对企业为职工缴纳工伤保险的(工伤保险费可以在税前扣除)，应由工伤保险支付。5.企业为履行劳动合同发生赔偿款属于与生产经营有关的支出，并非一般意义上的福利费用，企业应在税前扣除。
