我国入世之后，医药行业属于受冲击较大的行业，有关机构需要很好利用目前的税收优惠政策，壮大自身实力，才能在过渡期后获得生存和发展的机会。目前我国对医疗卫生机构有哪些税收优惠政策呢?财政部、国家税务总局《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》(财税[2000]42号)，集中规定了医疗卫生机构可以享受的税收优惠政策，优惠内容相当广泛，也比较复杂，纳税人必须准确理解和把握。
第一、优惠政策的内容
对医疗卫生机构的税收优惠政策，主要是按机构的性质来划分的。医疗卫生机构分为营禾性和非营利性两种;此外还有疾病控制、妇幼保健等专门机构。
医疗机构包括：各级各类医院、门诊部(所)、社区卫生服务中心(站)、城乡卫生院、护理院(所)、疗养院、临床检验中心等。
疾病控制、妇幼保健等机构包括：各级政府及有关部门举办的卫生防疫站(疾病控制中心)、各种专科疾病防治站(所)，各级政府举办的妇幼保健所(站)、母婴保健机构、儿童保健机构等，各级政府举办的血站(血液中心)。
医疗机构需要书面向卫生行政主管部门申明其性质，按《医疗机构管理条例》进行设置审批和登记注册，并由接受其登记注册的卫生行政部门核定，在执业登记中注明“非营利性医疗机构”或“营利性医疗机构”，并按机构的性质分别享受以下优惠政策。
第二、非营利性医疗机构的税收优惠政策
1.对非营利性医疗机构按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收。医疗服务是指医疗服务机构对患者进行检查、诊断、治疗、康复和提供预防保健、接生、计划生育方面的服务，以及与这些服务有关的提供药品、医用材料器具、救护车、病房住宿和伙食的业务。
2.非营利性医疗机构将取得的非医疗亨服务收入，直接用于改善医疗卫生服务条件的部分，经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。
3.对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税。
4.对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
第三、营利性医疗机构的税收优惠政策
对营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，3年内给予下列优惠：
1.对其取得的医疗服务收入免征营业税;
2.对其自产自用的制剂免征增值税;
3.对营利性医疗机构自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
第四、疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构的税收优惠政策
1.对疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构按照国家规定的价格取得的卫生服务收入(含疫苗接种和调拨、销售收入)，免征各项税收。
2.对疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构取得的其他经营收入，如直接用于改善本卫生机构卫生服务条件的，经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。
3.对疾病控制机构和妇幼保健机构等卫生机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
纳税人享受优惠政策，必须注意：不按照国家规定价格取得的医疗服务等卫生服务收入不能享受上述税收优惠政策;医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业的，应按规定征收各项税收。
