自2000年以来，国家出于鼓励企业安装使用防伪税控系统，适当减轻企业经济负担的考虑，相继制定出台了若干税收优惠政策，主要有：
1、自2000年1月1日起，对企业购置防伪税控系统专用设备和通用设备而发生的费用，准予在当期计算缴纳所得税前一次性列支；同时可凭购货取得的专用发票上所注明的税额从增值税销项税额中进行抵扣。这里所称“防伪税控系统专用设备”是指开票金税卡、税控IC卡及读卡器；通用设备包括用于防伪税控系统开具专用发票的计算机、打印机。
2、自2001年7月1日起，对一般纳税人丢失防伪税控专用发票抵扣联的，可凭销货单位所在地主管国税机关出具的“丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”以及对应存根联复印件，经审核符合条件后，可予以抵扣进项税额。
3、自2002年4月起，对已使用防伪税控系统但年应税销售额未达到规定标准的一般纳税人，在年审时，如其会计核算健全，且没有虚开专用发票或偷、骗、抗税等情形的，不再取消其一般纳税人资格。
