改革开放以来，涉外税收优惠制度在吸引外商投资，发展和引进先进技术及管理经验，扩大对外开放，让有条件的地区先发展起来带动和辐射其他地区发展，促进社会进步和经济发展方面发挥了积极而重要的作用。随着对外开放的纵向深入和加入WTO的新形势和新任务的需要，现行在计划经济体制下出台的涉外税收优惠制度与形势的发展、客观实际的需要有诸多不相适应的地方，暴露出多方面的弊端。其中尤为突出的反映在以下几个方面：
一是税收优惠层次过多，侧重于地区性优惠。现行涉外税收优惠政策，是根据对外开放的需要和开放地区的先后顺序，分别在不同时期，根据不同情况而制定的。它包括对经济特区、经济技术开发区、高新技术开发区、国家度假区、保税区、工业园区、台商投资地区等一系列的税收优惠政策。从执行情况看，存在层次多、内容复杂、互相交叉且不规范的问题。就外商投资者而言，由于我国涉外税收优惠分层次，不利于正确引导外商投资方向；也造成外商投资在全国各地区之间发展的不平衡，如经济欠发达的中西部地区，外商投资规模远远小于沿海经济发达地区。另外，一些地方政府从本地利益出发，单独制定了一些区域性税收优惠措施，给涉外税收管理造成了复杂局面。
二是税收优惠方法单一，优惠的激励作用弱化。我国的涉外税收优惠，主要体现在所得税上，且局限于优惠期减免、优惠税率、优惠税额减征上，如“二免三减”等，来达到吸引外资的目的。这种办法对投资规模小、经营期限短的项目有利，对投资周期长，投资规模大的项目，如大型基础设施项目和高新技术项目，其鼓励的作用就大大弱化了，因为前者获得收益的时间短，而且可以避免因政治、经济因素变动可能带来的风险。西方国家就较少或谨慎使用减免税而较多采用税前扣除、投资抵免和加速折旧等方法。另外，由于税收优惠存在时限的因素，部分外商采取重新登记或变更登记等投机取巧的方法，去获取更多的税收优惠，这也是我国涉外税收管理过程中需要解决的问题。
三是税收优惠审批权限高，执行难以到位。由于现行涉外所得税法颁布较早，当时从管理的角度出发，呈报国家税务总局审批的优惠政策过多，如对从事能源交通基础设施建设项目的生产性外商投资企业优惠税率的审批；技术、知识密集型外商投资项目或投资3000万奖元以上的项目优惠税率的审批；从事农、林、牧的外商投资企业优惠税率的审批；外商投资企业折旧方法的改变或加速折旧的审批等等。审批权限过于集中在总局，且附报的资料过多，执行起来操作复杂，难以执行到位，已经不能适应目前改革开放形势的需要，有必要根据实际情况授权或下放管理权限，加以调整。
四是所得税税前扣除内外资企业失衡，实际税负不公。涉外企业费用列支相比内资企业而言，在费用扣除标准、扣除金额、扣除比例上，相对过宽，如外企工资按实际发生额扣除，内企实行“计税工资”标准。此外，外企折旧残值比例的提取、广告费的支出、公益救济性捐赠的支出等也偏松，容易让企业钻空子，执行上也不好掌握，管理上不利于控制。
针对现行涉外税收优惠政策中存在的缺陷与不足：
一、选择税收优惠方向。变侧重地区性优惠为地区性与产业性优惠相结合，以产业性优惠为主。应根据国家“十五计划”提出的要把经济结构问题解决好，才能扩大国内需求，增加有效供给，也才能切实提高国民经济的整体素质的方向，尤其是应根据中西部大开发及国家产业政策调整的需要，将区域优惠重点由东南沿海向中西部地区转移，并注重区域优惠和产业优惠的结合。
二、调整税收优惠方式。变减免税的直接优惠为宽免税基的间接优惠，对于符合我国产业政策的外商投资企业和国家急需发展和鼓励发展的投资项目，如高新技术产业、资本密集型产业和中西部投资项目，除暂时保留特殊优惠外，逐步取向税前专项费用扣除、税收抵免、加速折旧、资本性投资扣除等优惠措施。
三、简化税收优惠管理方法。变税收优惠政策的审批制为备案登记制，对实体法已明确的优惠政策，从简政放权、简化办事程序，有利于政策及时、准确落实到位为出发点，赋予省级及省级以下税务部门必要的管理审批权；对税前扣除项目，符合所得税税前扣除规定项目的和财务制度规定标准的，改税务机关审批制为事前登记制、事后备案制，以提高工作效率，优化服务。如对企业采取哪种方法折旧、加速折旧年限，要根据企业财务制度和企业生产特点决定，不宜通通上报审批，实施前报送主管税务机关登记即可。
四、贯彻税收优惠公平方针。变税收优惠差别待遇为内外资企业统一优惠，我国现行的企业所得税仍施行内外两套税法，实行不同的税收优惠，表现为国内企业与外商投资企业在直接优惠（如减免税）和间接优惠（如税前扣除）方面存在的明显差别待遇，这些优惠差别显然有悖于市场经济的公平竞争原则，应按产业政策，结合区域政策确定税收优惠，逐步建立一套科学合理的内外资统一的税收优惠制度，更好地贯彻税收公平原则，发挥税收优惠合理配置资源的经济职能。
