根据转发北京市人民政府关于印发《北京市鼓励在京设立科技研究开发机构规定的通知》的通知规定：在京设立研发机构应符合以下条件：
（一）在自然科学相关领域内从事基础研究、应用研究、高新技术研究、社会公益性科学研究及技术开发和试验工作。
（二）有明确的研究开发方向，符合国家及本市的技术政策和产业政策，有固定的场所、仪器设备及其它必需的科研条件。其中科研用房200平方米以上，资产总额500万元以上（软件类研发机构资产总额100万元以上）。
（三）研发机构的总人数10人以上，其中具有本科以上学历的科技人员数占机构总人数的比例不低于50％；从事研究开发活动人员人数占机构总人数的比例不低于60％。
（四）研发机构年技术性收入占总收入60％以上。具有独立法人资格的研发机构，研究开发经费应占总收入20％以上；非独立法人研发机构，每年投入的研究开发经费应达到500万元或占企业产品销售收入的5％以上。
一、企业所得税
根据《转发财政部、国家税务总局关于促进科技成果转化有关税收政策的通知》（京财税[1999]887号）文件规定：
科研机构、高等学校服务于各业的技术成果转让、技术培训、技术咨询、技术服务、技术承包所取得的技术性服务收入暂免征收企业所得税。
根据《北京市地方税务局转发国家税务总局关于转制科研机构享受企业所得税优惠政策问题的补充》（京地税企[2002]530号）文件规定，科研机构转制后所享受的税收优惠有：
（一）国科发政字[2000]300号文件所列134家转制科研机构，从2001年起至2005年底止，5年内免征企业所得税。
（二）科研机构联合其他企业组建有限责任公司或股份有限公司，科研机构在转的股权比例达到50％的，按政策规定期限免征企业所得税。
（三）科研机构与工程勘察设计单位联合其他企业组建有限责任公司或股份有限公司，其中科研机构在转制企业中的股权比例达到50％的，按本通知第二条规定免征所得税；工程勘察设计单位在转的股权比例达到50％或者科研机构与工程勘察设计单位在新组建企业中股权均达不到50％，但两者股权合计达到50％的，按工程勘察设计单位转制政策减半征收所得税。
（四）科研机构在转制企业中无形资产的价值所占股权比例低于20％的，据实计算控股比例；无形资产股权比例超过20％的，其超过部分不作为计算减免税的股权。
（五）据关于贯彻落实《中共中央国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定》有关税收问题的通知（财税字[1999]273号）规定：中央直属科研机构以及省、地（市）所属的科研转制后，自1999年至2003年5年内免征企业所得税。
本条科研机构不包括：已经转制和已并入企业的科研机构，以及所有从事社会科学研究的科研机构。
（六）据关于贯彻落实《中共中央国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定》有关税收问题的通知（财税字[1999]273号）规定：对社会力量，包括企业单位（不含外商投资企业和外国企业）、事业单位、社会团体、个人和个体工商户，资助非关联的科研机构和高等学校研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的研究开发经费，经主管税务机关审核确定，其资助支出可以全额在当年度应纳税所得额扣除。当年度应纳税所得额不足抵扣的，不得结转抵扣。
非关联的科研机构和高等学校是指，不是资助企业所属或投资的，并且其科研成果不是唯一提供给资助企业的科研机构和高等学校。
二、营业税
据转发财政部国家税务局关于贯彻落实《中共中央国务院关于加强技术创新发展高科技实现产业化决定》（财税字[1999]273号）有关税收问题文件规定：对单位和个人（包括外商投资企业、外商投资设立的研究开发中心、外国企业和外籍个人）从事技术转让、技术开发业务和与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，免征营业税。
1、技术转让是指转让者将其拥有的专利和非专利技术的所有权或使用权有偿转让他人的行为。
2、技术开发是指开发者接受他人委托，就新技术、新产品、新工艺或者新材料及其系统进行研究开发的行为。
3、技术咨询是指就特定技术项目提供可行性论证、技术预测、专题技术调查、分析评价报告等。
4、与技术转让、技术开发相关的技术咨询、技术服务业务是指转让方（或受托方）根据技术转让或开发合同的规定，为帮助受让方（或委托方）掌握所转让（或委托开发）的技术，而提供的技术咨询、技术服务业务。且这部分技术咨询、服务的价款与技术转让（或开发）的价款是开在同一张发票的。
5、根据《转发财政部、国家税务总局关于发射国外卫星有关税收政策问题的补充通知》（京财税[2001]191号）文件规定：对中国航天科技集团公司和中国航天机电集团公司及其所属科研单位为研制用于发射国外卫星的火箭提供设计、实验、检测等服务所取得的收入免征营业税。
6、减免增值税、消费税、营业税的单位和个人同时享受减免城市维护建设税及教育费附加。
三、个人所得税：
根据《国家税务总局关于促进科技成果转化有关个人所得税问题的通知》（国税发[1999]125号）文件规定：科研机构、高等学校转化职务科技成果以股份或出资比例等股权形式给予科技人员个人奖励，经主管税务机关审核后，暂不征收个人所得税。
1、奖励单位或获奖人应向主管税务机关提供有关部门根据国家科委和国家工商行政管理局联合制定的《关于以高新技术成果出资入股若干问题的规定》（国科发政字［1997］326号）和科学技术部和国家工商行政管理局联合制定的《〈关于以高新技术成果出资入股若干问题的规定〉实施办法》（国科发政字［1998］171号）出具的《出资入股高新技术成果认定书》、工商行政管理部门办理的企业登记手续及经工商行政管理机关登记注册的评估机构的技术成果价值评估报告和确认书。不提供上述资料的，不得享受暂不征收个人所得税优惠政策。[page]
上述科研机构是指按中央机构编制委员会和国家科学技术委员会《关于科研事业单位机构设置审批事项的通知》（中编办发［1997］14号）的规定设置审批的自然科学研究事业单位机构。
2、享受上述优惠政策的科技人员必须是科研机构和高等学校的在编正式职工。
四、土地使用税：由国家财政部门拨付事业经费的单位自用的土地免征土地使用税。根据关于贯彻落实《中共中央国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定》有关税收问题的通知（财税字[1999]273号）规定：中央直属科研机构以及省、地（市）所属的科研转制后，自1999年至2003年5年内免征城镇土地使用税。
五、契税：根据《北京市契税管理规定》（1999年7月13日北京市人民政府第29号令发布）根据2002年6月27日北京市人民政府第100号令：国家机关、事业单位、社会团体、军事单位承受土地、房屋用于办公的办公室（楼）、档案室、职工食堂，教学的教室（教学楼）、实验室（楼）、操场、图书馆、食堂、学生宿舍，医疗的门诊部、化验室、住院部、药房，科研的试验场、试验楼，以及市财政局和市地方税务局确定的其他直接用于办公、教学、医疗、科研等的土地、房屋，免征契税。
六、房产税：
由财政部门拨付事业经费经费的单位自用的房产免征房产税。事业单位自用的房产，是指这些单位本身的业务用房。由财政部门拨付事业经费的单位，是指由国家财政部门拨付经费，实行全额预算管理或差额预算管理的事业单位。不包括实行自收自支、自负盈亏的事业单位。
