信托财产独立性产生两方面的法律后果，一是直接的法律后果。即是信托财产独立性对于信托当事人的权利人的影响。二是间接的法律后果，即对于信托机制的影响，主要是有限责任的确立和受托人分别管理义务的设置。
(一)直接法律后果
第一，抵销的禁止。《信托法》第18条规定，“受托人管理运用、处分信托财产所产生的债权，不得与其固有财产产生的债务相抵销。受托人管理运用、处分不同委托人的信托财产所产生的债权债务，不得相互抵销。”即在信托法律关系存续期间，属于信托财产的债权与受托人固有财产产生的债务不得抵销，受托人管理的不同信托财产之间产生的债权债务，也不得相互抵消。上述规定保证了信托财产的独立性，也避免受托人利用受托人地位损害信托财产或造成其管理的不同信托项下信托财产的利益不均衡。
第二，混同的限制。信托财产为所有权以外的其他权利， 如抵押权、质权时，若受托人以固有财产通过买卖、继承等取得了标的物的所有权，上述抵押权、质权等不适用民法上规定的混同制度而消灭。对于混同的禁止，我国信托法尚无明文规定，但是日本、韩国及我国台湾地区的信托法均有类似的规定。
第三，强制执行的禁止与例外。委托人通过设立信托交付信托财产，信托财产就区别于委托人及受托人的固有财产，无论是委托人或受托人均不得以信托财产偿还其固有债务，委托人及受托人的债权人也不得要求法院强制执行信托财产来满足于其与委托人或受托人基于固有财产所产生的债权债务的清偿。为平衡相关当事人的利益关系，我国信托法规定了四类情形的例外。即《信托法》第17条规定，“(一)设立信托前债权人已对该信托财产享有优先受偿的权利，并依法行使该权利的;(二)受托人处理信托事务所产生债务，债权人要求清偿该债务的;(三)信托财产本身应担负的税款;(四)法律规定的其他情形。”此外，该条还规定了违反规定强制执行时委托人与受托人的异议权。
(二)间接法律后果
第一，有限责任的确立。信托中的有限责任即信托责任的有限性，是指信托法律关系当事人因信托行为而产生的给付责任以信托财产为限。由于信托财产是由受托人占有与管理，因此因信托行为而产生的给付责任主要是受托人的给付责任。包括信托内部关系的有限责任与信托外部关系的有限责任。信托内部关系的有限责任是指受托人对受益人的有限责任，即受托人因信托关系而产生支付受益人信托利益的责任，仅以信托财产为限负有有限责任，只要受托人在处理信托事务中没有违反信托文件的规定及违背管理职责，受托人就不必以固有财产承担责任。信托外部关系的有限责任是指受托人围绕管理信托财产所进行的信托事务过程中若发生对第三人的责任(包括契约型责任与侵权责任)，如受托人此种责任基于正当管理且无过错的情形下，受托人对于第三人的损失仅以信托财产为限承担有限责任，而不以其固有财产承担责任。这种有限责任的确定，使信托机制在实践中得到了广泛的应用。
第二，分别管理义务的设置。信托财产独立性的另外一个法律后果就是受托人分别管理义务的设置。所谓分别管理，就是受托人应将信托财产与其固有财产、不同的信托财产分别管理。具体来说，能做物理分离的应该进行物理分离，不能进行物理分离的也应该通过标记来进行区分。分别管理义务是信托财产独立性的要求，是信托财产独立性在受托人义务方面的反应。
