与初审稿相比，二次审议稿最大的变化是单独设立“慈善财产的管理运用”一章，对慈善组织的财产范围、投资使用原则、慈善信托管理等方面作出 更为细致的规定。在审议和征求意见的过程中，有的常委委员、专家学者提出，初审草案规定慈善信托的受托人可以是慈善组织、金融机构或者自然人，过于宽泛， 不利于依法规范受托人的行为。对此，全国人大法律委员会考虑到慈善信托在我国刚刚起步，实践经验还不够，受托人的范围尚不宜过宽，建议删去“自然人可以作 为慈善信托受托人”的规定。同时，为处理好与信托法的关系，建议在草案中增加一条规定：慈善信托的设立、信托财产的管理、信托当事人、信托的终止和清算等 事项，本法未规定的，适用《中华人民共和国信托法》的有关规定。
一些常委会组成人员提出，慈善活动支出比例和管理成本标准是规范慈善组织的重要内容，应当在草案中进一步明确具体标准。但是考虑到各类慈善 组织的组织形式、规模和运作方式差异较大，目前还难以规定统一的标准，因此二审稿规定：慈善组织开展慈善活动的年度支出以及管理成本的标准，由国务院民政 部门会同国务院财政、税务等部门规定。捐赠协议对单项捐赠财产的慈善活动支出和管理成本有约定的，按照其约定。
初审稿中，对慈善组织开展公开募捐的方式及其地域限制作了规定。这也引发了一些争论。有的常委会组成人员和有关社会组织提出，慈善组织通过 广播、电视、报刊、互联网等媒体发布募捐信息开展公开募捐，难以限制也没必要限制其地域范围。对此，二审稿作出重要修改，对通过广播、电视、报刊、互联网 等媒体发布募捐信息开展募捐的不再要求地域限制。但慈善组织在公共场所设置募捐箱，以及举办义演、义赛、义卖、义展、义拍、慈善晚会等开展募捐的，仍然应 当在其登记的民政部门管辖区域内进行。
税收优惠是促进慈善事业发展的关键措施。《中共中央关于制定国民经济和社会发展第十三个五年规划的建议》中明确提出：支持慈善事业发展，完 善鼓励回馈社会、扶贫济困的税收政策。但我国目前对慈善活动税收优惠力度不大，效果并不明显。有的常委委员建议对草案规定进一步细化。对此，二审稿中增加 规定：国家对扶贫济困的慈善活动，实行特殊的税收优惠。同时，针对当前各方面反应较为突出的企业大额捐赠享受税收优惠不够的问题，增加规定：企业慈善捐赠 支出超过法律规定的准予在计算企业所得税应纳税所得额时扣除的部分，允许结转以后年度在计算应纳税所得额时扣除。草案的这一关键修改，势必进一步加大对慈 善活动的税收优惠力度，特别是通过税收优惠政策加大对贫困人口的慈善帮扶力度。
